Python 在windows 7上安装rpy2

我正在尝试在我的计算机上安装rpy2，但无法完成

我下载了源程序包，并尝试使用命令

python setup.py install

安装Rpy2（Rpy2-2.3.2）。结果是：

running install
running build
running build_py
running build_ext
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --ldflags
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --cppflags
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config LAPACK_LIBS

returned an empty string.

"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config BLAS_LIBS

returned an empty string.

Configuration for R as a library:
    include_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include/i386', 'C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include')
    libraries: ('R',)
    library_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/i386',)
    extra_link_args: ()
   # OSX-specific (included in extra_link_args)
    framework_dirs: ()
    framework: ()
building 'rpy2.rinterface._rinterface' extension
creating build\temp.win32-2.7
creating build\temp.win32-2.7\Release
creating build\temp.win32-2.7\Release\rpy
creating build\temp.win32-2.7\Release\rpy\rinterface
C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin\gcc.exe -mcygwin -mdll -O -Wall -DWin32=1 -I.\rpy\rinterface -IC:\Python27\include -IC:\Python27\PC -IC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include/i386 -IC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include -c .\rpy\rinterface\_interface.c -o build\temp.win32-2.7\Release\.\rpy\rinterface\_rinterface.o
cc1.exe: error: unrecognized command line option '-mcygwin'
error: command 'gcc' failed with exit status 1

我还尝试了

build-install

和

easy\u-install

，但没有成功。我有R2.15.2、Python2.7.2和Windows7（32位）

我做错了什么

PS.如果粘贴该命令，结果是：

cygwin警告：

MS-DOS style path detected C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\config.sh
Preferred POSIX equivalent is: /cygdrive/c/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/config.sh
CYGWIN environment variable option "nodosfilewarning" turns off this warning.
Consult the user's guide for more details about POSIX paths:
    http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames

---

-LC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/i386-lR

安装脚本

setup.py

告诉您运行时遇到问题

“C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R”CMD config--ldflags

打开一个终端，粘贴该命令，检查错误是什么

当您使用输出编辑问题时，问题似乎是当从

python setup.py install

将该命令作为子进程运行时，从终端运行该命令时，返回一个空字符串，但有一个输出。

---

我还从终端的输出中读取cygwin所涉及的数据。也许这就是问题所在？

我通常也没有成功地让Rpy2在Windows上工作。在从预编译的二进制文件中使用R2.15和Rpy2进行了几个小时的黑客攻击之后，我接着进行了安装。在得到支持之前，这可能对你有用。就我个人而言，我很想在Windows和IPython笔记本电脑上看到Rpy2（%load_ext rmagic），但我就是不能再花时间在它上面了

我刚刚使用的二进制安装程序在Windows 8.1 64位上成功安装了rpy2。下载二进制文件通常比在Windows中编译软件包容易得多

另外，在安装rpy2二进制文件之前，您应该设置

R\u HOME

环境变量（在我的例子中，设置为

C:\Program Files\R\R-3.1.1

）。否则会出现

RuntimeError:R\u HOME未定义。

尝试导入rpy2时出错。（感谢）

最后，如果要在ipython中使用，请确保使用

%load_ext rpy2.ipython

而不是

%load_ext rmagic

。它是rpy2版本2.4.0中的一个重要功能

（多亏了）

编辑，我终于设法让它工作了！！！见下文：

我一直在绞尽脑汁想让它发挥作用，但还没有完全弄明白。我发现这个错误

“sh”不被识别为内部或外部命令、可操作程序或批处理文件

是由于缺少mingw和Rtools（以及其他类似unix的帮助程序）造成的。（）

我通过安装Rtools（）和mingw（）度过了这一阶段（但由于sourceforge.net上的mingw-w64项目正在迁移到mingw-w64.org，我建议使用）

我通过了R.exe CMD config--ldflags错误，但被卡住了

TypeError:类型为“NoneType”的对象没有len（）

错误。我仍在寻找解决方案

希望这能在某些方面帮助到别人

更新：因此，与安装相关的问题似乎很多。setup.py无法找到R的正确版本，并且编译器存在问题

因此，如何继续：

从下载源代码

更新您的环境变量-在用户变量中

• 路径：将路径附加到URR安装eg；C:\ProgramFiles\R\R-3.0.2\bin\x64
• R\u HOME：路径为R:C:\Program Files\R\R-3.0.2的新变量
• R_USER：用户名，例如john

安装Rtools（）和mingw（）

之前绕123行

返回自我。\u版本 我添加了self.\u version=[3，0]以强制版本为3.0（可能有人能更好地解决这个问题）

在python27/lib/distutils中的文件unixcompiler.py中，或者在我的例子中是C:\Users（user\u name）\AppData\Local\Continuum\Anaconda\lib\distutils注释行227

compiler=os.path.basename（sysconfig.get\u config\u var（“CC”）） 带#（#compiler=os.path.basename（sysconfig.get#u config_var（“CC”））

并添加行

编译器='gcc'

其他一些事情-使用命令提示符cmd进行安装。使用

python setup.py build安装

安装Rtools和mingw，接受所有默认设置。在Rtools中，选择

额外构建64位R

及

编辑系统路径

就这样！！让它发挥作用

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希望这有帮助

查看我制作的关于此问题的安装文档

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它是特定于ArcGIS设置的目录，但快速移植我不确定是否有人仍在关注讨论，但无论如何，我尝试让rpy2工作的目的是让它在我的Ipython笔记本中工作。如果其他人也这么做，我建议使用IRkernel，它可以像蛋糕一样顺利安装（制作得很好）。以下是完成这项工作的资源。我用过它，它就像一个符咒

基本上，您需要运行的是：

install.packages(c('rzmq','repr','IRkernel','IRdisplay'),repos = c('http://irkernel.github.io/', getOption('repos')))

IRkernel::installspec()

如果您发现任何问题，请参阅以下资源：

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好的。根据以前的经验，我发现关于如何在Windows上安装rpy2的说明并不多。我知道这并没有得到官方的支持，但其实也没那么难。在几个步骤中，我将展示我所做的，也许其他人也可以效仿

这些指令很可能只适用于Python2.7+和R3.2+，但可能适用于R3.0+。我正在将我在系统上使用的路径放入确保相应地修改路径：

首先，在尝试这些步骤之前，请确保已卸载以前的任何rpy2安装（并且在安装之前显然已安装R3.2+）

从下载r2py的.whl文件

从下载文件的目录中，使用

pip安装[put.whl filename here]

（在命令行中）安装.whl文件

附加路径si

import rpy2.robjects as robjects 

conda install --channel https://conda.anaconda.org/Richarizardd rpy2

conda install -c r rpy2 

https://github.com/conda-forge/rpy2-feedstock

R_HOME = D:\Program Files\R\R-3.4.1
R_USER = Administrator 

import rpy2.robjects as robjects

# test : evaluating R code
robjects.r('''
        # create a function `f`
        f <- function(r, verbose=FALSE) {
            if (verbose) {
                cat("I am calling f().\n")
            }
            2 * pi * r
        }
        # call the function `f` with argument value 3
        f(3)
        ''')