Python 构建蛋白质数据库（PDB）文件

我必须模拟一个复杂的赖氨酸聚合物。它类似于一种蛋白质，只是赖氨酸并不总是与它们的α-胺结合。我的目标是生成一个用于进一步计算的模型

你知道有什么模块可以让我制造分子吗？我有特殊需要，比如：

• 我有一条氨基酸链
• 我需要在链条上再加一个
• 但是我必须能够指定这个n+1氨基酸与前一个氨基酸的结合位置和方式
• 最后，我必须能够生成一个PDB文件

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我的第一个方法是使用SMILES格式，我可以完美地完成所有工作，但最后我无法构建pdb，因为没有软件能够处理我的原子数（>15000）。我知道有两个相对较好的模块：

pdbTools是一组命令行python脚本，用于操作wwPDB蛋白质和核酸结构文件。有许多程序，包括开源程序和专有程序，执行类似的任务；然而，这些工具中的大多数都隐藏在功能更大的程序中。因此，相对简单的计算通常涉及学习新程序、编译模块和安装库。为了填补空缺（并完成我需要完成的任务），我开始编写自己的工具集。这已经演变为pdbTools套件。这套程序具有以下特点：

• 每个程序都应该作为一个独立的应用程序运行，带有标准的GNU/POSIX风格的命令行界面
• 每个程序的编写方式都应该允许它用作更复杂程序的函数库
• 程序应至少需要外部依赖项

Biopython项目是一个由免费提供的Python计算分子生物学工具开发者组成的国际协会

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好的，我终于找到了解决问题的方法，即使它与我的第一个问题无关。我按照我的第一种方法生成我的聚合物：一个python脚本生成一条长长的微笑链。然后，我终于找到了一个能够转换如此长链的软件：Discovery studio visualizer

我认为它是有效的，因为这个软件不是基于openbabel的。这不是一个Python解决方案，但它可以做到这一点

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无论如何，谢谢。

你可以将氨基酸和蛋白质中选定的原子叠加在一起，在pymol-

• 然后作为.pdb导出

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配对前，你可以玩一下分子的位置

你说PDB是指蛋白质数据库？因为对于大多数Python人员来说，pdb是Python调试器。：）是的，我知道：）是的，我的意思是蛋白质数据库这些工具对很多事情来说都很好，但是它们允许构建非传统的蛋白质吗？就我所看到的一点而言，我不这么认为。是的，我已经用它们来构建液体模拟的PDB文件，这样就可以将它们输入pymol进行渲染。在这种情况下，我的“原子”甚至不是真正的原子，而是用来表示系统宏观特征的伪原子。好吧，我显然错过了文档中的相关信息。你用的是哪个模块？你认为我的方法是可行的，通过指出2个氨基酸是如何结合的，来构建一个分子程序？