python h5py文件读取"；OSError:无法打开文件（错误的超级块版本号）"；

简短描述

我遇到一个问题，hdf5文件已在Windows计算机上写入，无法在Linux计算机上打开。错误消息为“OSError:无法打开文件（错误的超级块版本号）”。（因此，此问题可能与h5py完全无关，而是python文件open中的一般linux/windows兼容性问题）

详细描述

Windows和Linux上都使用了包含以下软件包的python虚拟环境：

• 烧瓶-0.12.2
• 烧瓶-RESTful-0.3.6
• Jinja2-2.10
• MarkupSafe-1.0
• Werkzeug-0.14.1
• aniso8601-3.0.0
• 点击-6.7
• h5py-2.7.1
• h5py-cache-1.0
• 其危险系数为-0.24
• 锁文件-0.12.2
• numpy-1.14.0
• pytz-2018.3
• 6-1.11.0

在Windows上，文件可以被打开和读取而不会出现问题，但在Linux上却不能，这会抛出一个操作系统错误。只需启动一个新的python会话并键入以下内容即可：

进口h5py

f1=h5py.File（“myfile.hdf5”、“r”）

完全错误：

回溯（最近一次呼叫最后一次）：

模块中第1行的文件“stdin”

文件“/usr/local/lib/python3.6/site packages/h5py/_hl/files.py”，第312行，在_

文件“/usr/local/lib/python3.6/site packages/h5py/_hl/files.py”，第142行，在make_fid中

文件“h5py/_objects.pyx”，第54行，在h5py._objects.with_phil.wrapper中

文件“h5py/_objects.pyx”，第55行，在h5py._objects.with_phil.wrapper中

文件“h5py/h5f.pyx”，第78行，在h5py.h5f.open中

OSError:无法打开文件（错误的超级块版本号）

HDF5文件是在Windows机器上使用Java HDF5库从我无法修改的程序写入的，HDF5 Java 1.10.0处于SWMR（单写多读）模式

在将文件进一步发送到我的程序（一个轻量级Linux应用程序）之前，程序可能没有正确关闭文件

在中，“超级块的版本号”描述如下

此值用于确定超级块中信息的格式。当超级块中信息的格式更改时，版本号将增加到下一个整数，并可用于确定超级块中信息的格式

为该字段定义了0和1的值

此字段存在于超级块的0+版本中

…这并不能帮助我理解错误的superblock版本号可能是什么原因

下面是我试图打开的一个示例文件：

为什么要把这个问题变成堆栈溢出问题？

这个问题可能会影响到Linux机器上希望读取Windows机器上生成的hdf5文件但未正确关闭/格式化的所有人。我想知道发生这种情况的原因，以及如何在Linux上解决这个问题。如果唯一的解决方案是“它需要由生成HDF5文件的Windows程序修复，因为以后无法修复”，那么这也是可以接受的答案。这里是这样吗

采取的行动

• 升级到h5py到2.8.0rc1并不能解决此问题
• 其他HDF5文件可以按预期打开

相关主题

出于可能的原因，我查看了以下主题和网站，但都是空手而归：

(一)

(二)

(三)

(四)

(五)

编辑1:

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多亏了@Tom de Geus，我在Linux和Windows上尝试了HDF视图，发现示例文件无法在Linux HDF视图上打开，但可以使用Windows HDF视图打开。这表明问题在于文件和HDF，而不是h5py。

感谢Pierre de Buyl确认该文件确实可以在Linux上以正确的HDF版本1.10.0打开。在Windows上，我运行的是HDF1.10.1（通过h5py安装），但在Linux上，h5py的默认安装为1.8.18。在使用cmake从源代码构建HDF之后，我也能够在Linux上打开该文件，版本为1.10.0或更高版本

使用cmake安装HDF 1.10.0的指南：

错误消息“OSError:无法打开文件（错误的超级块版本号）”令人困惑，但似乎表明旧版本的HDF（1.8.18）未配置为识别HDF 1.10.0版写入的新超级块版本号

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感谢您的帮助汤姆·德·盖斯和皮埃尔·德·布伊尔：）

您试过和我一起阅读吗？或任何API？在具有HDF视图的Windows上，它会正确打开文件，但会为每个数据集显示红色的“警告倒置三角形”，而在我的Linux计算机上可以使用h5py.file（“myfile.hdf5”，“r”）成功打开的其他hdf5文件中则不是这种情况。但是，在具有HDF视图的Linux上，无法打开该文件，并显示一个非信息性的“打开文件myfile.hdf5时出错”，这很有趣。问题似乎是HDF本身，而不是h5py。我已经下载了您的示例文件，并且可以在Linux下使用h5py打开它而不会出现任何问题

h5py.version.hdf5\u version

是

1.10.0

。您正在运行什么Linux？我们无法在Ubuntu 16.04和Ubuntu Gnome 16.04上打开它。看来我一直在运行的h5py版本是1.8.18，谢谢你帮助Pierre，我会确保升级，看看我的位置。这确实是一个版本不兼容的问题，谢谢Pierre de Buyl！我被试图打开文件时提供的错误消息弄糊涂了，但升级到1.10.0后，文件会正确打开。

fid = make_fid(name, mode, userblock_size, fapl, swmr=swmr)

fid = h5f.open(name, flags, fapl=fapl)