Python Snakemake删除--config值中的下划线？

我试图将名为samples的

--config

参数传递给snakemake函数。看起来不管我怎么传递，所有的下划线都被删除了？有什么建议吗，还是我做错了什么

snakemake-s snakefile.py all--configfile/share/biocore/keith/dennislab/snakemake/templates/tagseq.json--config samples=60_3_6，

或

snakemake-s snakefile.py all--configfile/share/biocore/keith/dennislab/snakemake/templates/tagseq.json--config samples=“60_3_6”

或

snakemake-s snakefile.py all--configfile/share/biocore/keith/dennislab/snakemake/templates/tagseq.json--config samples='60_3_6'

---

对于snakefile中的config dictionary，它们都会生成这样的结果（请注意最后的samples参数）

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{code>{u__________________________________________________________________________________________([（'basename'、'/share/biocore/keith/dennislab'）、（'id'、'PE'）、（'fastqs'、'rhesus_tagseq'）、（'human_rrna_ref'、'/share/biocore/keith/workshop/rnaseq_示例/参考资料/human_rrna.fasta'）、（'star_ref'、'share/biocore/keith/dennislab/star/star.Overlap 100.gencode'））、'hts_star'）、'([（‘注释’、‘这是为htspreproc>star运行一个样本’、（‘作业名称’、‘hts_star’）、（‘n’，1）、（‘ntasks’，9）、（‘分区’、‘生产’、（‘时间’、‘120’、（‘mem’、‘32000’）、（‘注释2’、‘样本名称和分析类型将插入到.out和.err’、（‘输出’、‘slurm_out/hts_star’，（'error'，'slurm_out/hts_star_.err'），（'mail-type'，'NONE'），（'mail-user'，'kgmitchell@ucdavis.edu“）]，“示例”：（6036，）}

Snakemake通过将

--config

键/值对的值作为输入依次传递给每个函数来评估该值：

parsers = [int, float, eval, str]

在Python中计算数值文本时

因此，

60\u 3\u 6

作为一个整数进行计算，因为

int

在

str

之前进行了尝试：

>>> for p in parsers:
...     print(p('60_3_6'))
... 
6036
6036.0
6036
60_3_6

（在问题的第一个示例中，

60_3_6，

作为值传递；在这种情况下，

eval

返回一个元组，其中包含

6036

作为其唯一元素，如配置值转储中所示）

要解决这个问题，您需要传递一个值，该值只能由

str

成功处理

另一个可能的解决方法是传递一个可调用的

lambda : '60_3_6'

由于snakemake将使用一个包装器脚本，但是我不知道如何从配置文件或命令行执行此操作，我认为您需要直接从python代码调用snakemake的

main

函数（可能创建一个包装器脚本？）。

这种“双引号”似乎有效：

snakemake --config samples='"10_13"'

它也适用于多个样本：

snakemake --config samples='"10_13", "foo", "19_19"'

虚拟蛇形文件：

samples= config['samples']

rule all:
    input:
        expand('{sample}.txt', sample= samples),

rule one:
    output:
        '{sample}.txt',
    shell:
        r"""
        touch {output}
        """