Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/2/python/346.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
Python 有没有办法改变我的命令来重新格式化我的输出文件?_Python_Command Line_Biopython - Fatal编程技术网

Python 有没有办法改变我的命令来重新格式化我的输出文件?

Python 有没有办法改变我的命令来重新格式化我的输出文件?,python,command-line,biopython,Python,Command Line,Biopython,我有一个爆炸文件产生。我执行了一个blast(x)命令,输出“qeseqid”和“sseqid”: 我在命令行中的nano中编写了一个命令,以获得以下所需输出: NP342 YN13213 NP9080 YN5345 NP123 YN756 NP123 YN9768 NP654 YN432 NP8_d0 YN3242 NP756 YN85686 我已经编写了一个nano脚本,为我的查询和主题id提供了一个以制表符分隔的列。从这里开始,我遇到了一些问题。我不

我有一个爆炸文件产生。我执行了一个
blast(x)
命令,输出
“qeseqid”
“sseqid”

我在
命令行
中的
nano
中编写了一个命令,以获得以下所需输出:

NP342    YN13213
NP9080   YN5345
NP123    YN756
NP123    YN9768
NP654    YN432
NP8_d0   YN3242
NP756    YN85686
我已经编写了一个
nano
脚本,为我的查询和主题id提供了一个以制表符分隔的列。从这里开始,我遇到了一些问题。我不确定如何修改脚本以提供所需的输出

import sys
file_object = open(sys.argv[1])

for my_data in file_object:

  list =  my_data.split("\t")

  print (list [0], list [1])
有没有办法改变我的命令,以便我可以收到所需的输出

如有任何建议,将不胜感激

您可以尝试:

导入系统 将open(sys.argv[1])作为文件对象: 对于文件\u对象中的我的\u数据: a_list=my_data.split('\t') 打印(列表[0]。拆分(“”“)[1],列表[1],sep='\t',end='')
list
是内置类型(不要将其用作名称)。上面的代码
\t
上拆分数据,然后在
上拆分第一个字段。然后,它将打印由
\t
分隔的所需数据(包括
end='
,以避免打印第二行
换行符)。

您可以尝试:

导入系统 将open(sys.argv[1])作为文件对象: 对于文件\u对象中的我的\u数据: a_list=my_data.split('\t') 打印(列表[0]。拆分(“”“)[1],列表[1],sep='\t',end='')

list
是内置类型(不要将其用作名称)。上面的代码
\t
上拆分数据,然后在
上拆分第一个字段。然后,它将打印由
\t
分隔的所需数据(包括
end='
,以避免打印第二行
换行符
)。

Hi@NikolaosChatzis谢谢!成功了!你好@NikolaosChatzis谢谢!成功了!
import sys
file_object = open(sys.argv[1])

for my_data in file_object:

  list =  my_data.split("\t")

  print (list [0], list [1])