Python 有没有办法改变我的命令来重新格式化我的输出文件?
我有一个爆炸文件产生。我执行了一个Python 有没有办法改变我的命令来重新格式化我的输出文件?,python,command-line,biopython,Python,Command Line,Biopython,我有一个爆炸文件产生。我执行了一个blast(x)命令,输出“qeseqid”和“sseqid”: 我在命令行中的nano中编写了一个命令,以获得以下所需输出: NP342 YN13213 NP9080 YN5345 NP123 YN756 NP123 YN9768 NP654 YN432 NP8_d0 YN3242 NP756 YN85686 我已经编写了一个nano脚本,为我的查询和主题id提供了一个以制表符分隔的列。从这里开始,我遇到了一些问题。我不
blast(x)
命令,输出“qeseqid”
和“sseqid”
:
我在命令行
中的nano
中编写了一个命令,以获得以下所需输出:
NP342 YN13213
NP9080 YN5345
NP123 YN756
NP123 YN9768
NP654 YN432
NP8_d0 YN3242
NP756 YN85686
我已经编写了一个nano
脚本,为我的查询和主题id提供了一个以制表符分隔的列。从这里开始,我遇到了一些问题。我不确定如何修改脚本以提供所需的输出
import sys
file_object = open(sys.argv[1])
for my_data in file_object:
list = my_data.split("\t")
print (list [0], list [1])
有没有办法改变我的命令,以便我可以收到所需的输出
如有任何建议,将不胜感激 您可以尝试:
导入系统
将open(sys.argv[1])作为文件对象:
对于文件\u对象中的我的\u数据:
a_list=my_data.split('\t')
打印(列表[0]。拆分(“”“)[1],列表[1],sep='\t',end='')
list
是内置类型(不要将其用作名称)。上面的代码在\t
上拆分数据,然后在上拆分第一个字段。然后,它将打印由\t
分隔的所需数据(包括end='
,以避免打印第二行换行符)。您可以尝试:
导入系统
将open(sys.argv[1])作为文件对象:
对于文件\u对象中的我的\u数据:
a_list=my_data.split('\t')
打印(列表[0]。拆分(“”“)[1],列表[1],sep='\t',end='')
list
是内置类型(不要将其用作名称)。上面的代码在\t
上拆分数据,然后在上拆分第一个字段。然后,它将打印由\t
分隔的所需数据(包括end='
,以避免打印第二行换行符
)。Hi@NikolaosChatzis谢谢!成功了!你好@NikolaosChatzis谢谢!成功了!
import sys
file_object = open(sys.argv[1])
for my_data in file_object:
list = my_data.split("\t")
print (list [0], list [1])