Python中的分子动力学模拟

我正在寻找一个python包，可以用来模拟非平衡状态下的分子动力学。我需要一个装置，它能以主要的动力学理论的方式处理相当多的分子，并且能处理固体表面的存在。关于表面，我需要能够创建任意形状，监控压力和分子作用产生的其他变量。或者，如果我有可以处理它的分子，我可以自己添加表面部分

有人知道可能适合的套餐吗？

您考虑过吗？SimPy是一个相当通用的离散事件模拟软件包，但可以满足您的需要

更妙的是，这本书看起来更专业

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我都没用过，但这听起来很有趣。Python作为一种语言，似乎在仿真软件中处于特权地位，人们可以在依赖框架的同时编写模型的特定细节，以实现所有常见逻辑，如调度、可视化、可视化、，监控等。未知的是，当使用与生物模型相称的代理计数时，这些工具包的扩展程度如何（顺便说一句，它有多大？

我不知道这些程序是否具备您需要的所有功能，但kde程序中有avogadro，我认为它是可扩展的，因为它是开源的，您可以使用它做任何事情

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它真的很先进，由我的一个朋友编程

Lampps和gromacs是两个众所周知的分子动力学代码。这些代码都有一些基于python的包装器，但我不确定包装器公开了多少功能。它们可能无法为您提供对模拟的足够控制

谷歌搜索“GromacsWrapper”或谷歌搜索“lammps”和“pizza.py”

Digital material和ASE是两个分子动力学代码，它们公开了很多功能，但上次我看的时候，它们都相当专业化。它们可能不允许你使用你想要的力势

谷歌表示“数字材料”和“康奈尔”，或谷歌表示“ase”和dtu

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MJV注意：普通MD代码一次只执行一个时间步，并且在每个时间步中移动所有粒子。大部分时间都花在计算每个原子上的总作用力上。这涉及到迭代相邻原子对的列表。我认为最好的办法是在C++中使用力计算和一些基本的知识，然后用Python来封装这些功能。（但看看使用numpy矩阵可以走多远可能会很有趣）

我支持MMTK，但是看看，这是我所知道的最好的MD软件，并且是Python脚本化的（除了Tk之外）。有关示例和教程，请参见。

另一个通用模拟框架是我自己的。你可以试试。如果你认真的话，我可以帮你弄一个simpack。我建议使用分子动力学软件来运行MD模拟，比如Gromacs。该软件针对特定用途进行了高度优化。你也可以在GPU上运行，这样你就能在更短的时间内运行更大的系统

之后，使用生成的轨迹仅使用python包运行分析

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以下程序可用于运行MD符号：

以下Python包对于准备和分析MD轨迹非常有用：

• 以及生态系统

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这是用于模拟表面周围的气体流动，而不是用于生物学。基本上是寻找各种表面和系统中其他分子的弹性碰撞，看看表面的存在对流动有什么影响。非平衡，因为表面的不同侧面处于不同的温度、压力等。流体对表面的作用也不同。如果气体给表面足够的冲击力，表面可能会移动。VMD更适用于生物系统。我已经澄清了我要找的东西。VMD是一个可视化软件包，而不是模拟软件包。@JoshAdel严格地说，VMD有NAMD的接口（负责MD），这是VMD的默认扩展。生物制剂数量最多只能达到数百万，但大规模的化学工程问题可能更大。