是否可以通过pythonsys模块运行MAFFT

是否可以通过Python sys.argv模块运行MAFFT命令，如“MAFFT_exe”、“in_file”？

我不完全清楚您的要求，但基于您提供的有限上下文，我假设您使用类似biopython的东西作为MAFFT的包装器，您正试图更改传递给

MafftCommandline

类的某些参数

在中，MAFFT可执行文件包装器的调用方式如下：

mafft_cline = MafftCommandline(mafft_exe, input=in_file)

import sys
from Bio.Align.Applications import MafftCommandline

# Replace with actual binary location, or implement it as an arg
MAFFT_EXE_LOCATION = "/opt/local/mafft"

def other_code(mafft):
    # Do other stuff with mafft here, now that it's configured
    pass


def invoke_mafft(input_filename):
    mafft_cline = MafftCommandline(MAFFT_EXE, input=input_file)
    other_code(mafft_cline)

if __name__ == '__main__':
    try:
        input_filename = sys.argv[1]
        invoke_mafft(input_filename)
    except IndexError:
        print("USAGE: {} <in_file>".format(sys.argv[0]))

Python的参数处理模块是sys.argv。它是一个列表，您可以通过数字索引访问它的参数

因此，假设您想从命令行将某些值传递给MAFFT包装类，您可以这样做：

mafft_cline = MafftCommandline(mafft_exe, input=in_file)

import sys
from Bio.Align.Applications import MafftCommandline

# Replace with actual binary location, or implement it as an arg
MAFFT_EXE_LOCATION = "/opt/local/mafft"

def other_code(mafft):
    # Do other stuff with mafft here, now that it's configured
    pass


def invoke_mafft(input_filename):
    mafft_cline = MafftCommandline(MAFFT_EXE, input=input_file)
    other_code(mafft_cline)

if __name__ == '__main__':
    try:
        input_filename = sys.argv[1]
        invoke_mafft(input_filename)
    except IndexError:
        print("USAGE: {} <in_file>".format(sys.argv[0]))

导入系统 从Bio.Align.Applications导入MafftCommandline #替换为实际的二进制位置，或将其实现为arg MAFFT_EXE_LOCATION=“/opt/local/MAFFT” def其他_代码（mafft）： #在这里使用mafft执行其他操作，现在已经配置好了 通过 def invoke_mafft（输入文件名）： mafft_cline=MafftCommandline（mafft_EXE，输入=输入文件） 其他代码（mafft cline） 如果uuuu name uuuuuu='\uuuuuuu main\uuuuuuu'： 尝试： 输入文件名=sys.argv[1] 调用\u mafft（输入\u文件名） 除索引器外： 打印（“用法：{}”。格式（sys.argv[0]））

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这只是一个起点。你在课堂上到底做了什么取决于你。

我不完全清楚你在问什么，但基于你提供的有限上下文，我假设你在使用类似biopython的东西作为MAFFT的包装，您正试图更改传递给

MafftCommandline

类的某些参数

在中，MAFFT可执行文件包装器的调用方式如下：

mafft_cline = MafftCommandline(mafft_exe, input=in_file)

import sys
from Bio.Align.Applications import MafftCommandline

# Replace with actual binary location, or implement it as an arg
MAFFT_EXE_LOCATION = "/opt/local/mafft"

def other_code(mafft):
    # Do other stuff with mafft here, now that it's configured
    pass


def invoke_mafft(input_filename):
    mafft_cline = MafftCommandline(MAFFT_EXE, input=input_file)
    other_code(mafft_cline)

if __name__ == '__main__':
    try:
        input_filename = sys.argv[1]
        invoke_mafft(input_filename)
    except IndexError:
        print("USAGE: {} <in_file>".format(sys.argv[0]))

Python的参数处理模块是sys.argv。它是一个列表，您可以通过数字索引访问它的参数

因此，假设您想从命令行将某些值传递给MAFFT包装类，您可以这样做：

mafft_cline = MafftCommandline(mafft_exe, input=in_file)

import sys
from Bio.Align.Applications import MafftCommandline

# Replace with actual binary location, or implement it as an arg
MAFFT_EXE_LOCATION = "/opt/local/mafft"

def other_code(mafft):
    # Do other stuff with mafft here, now that it's configured
    pass


def invoke_mafft(input_filename):
    mafft_cline = MafftCommandline(MAFFT_EXE, input=input_file)
    other_code(mafft_cline)

if __name__ == '__main__':
    try:
        input_filename = sys.argv[1]
        invoke_mafft(input_filename)
    except IndexError:
        print("USAGE: {} <in_file>".format(sys.argv[0]))

导入系统 从Bio.Align.Applications导入MafftCommandline #替换为实际的二进制位置，或将其实现为arg MAFFT_EXE_LOCATION=“/opt/local/MAFFT” def其他_代码（mafft）： #在这里使用mafft执行其他操作，现在已经配置好了 通过 def invoke_mafft（输入文件名）： mafft_cline=MafftCommandline（mafft_EXE，输入=输入文件） 其他代码（mafft cline） 如果uuuu name uuuuuu='\uuuuuuu main\uuuuuuu'： 尝试： 输入文件名=sys.argv[1] 调用\u mafft（输入\u文件名） 除索引器外： 打印（“用法：{}”。格式（sys.argv[0]）） 这只是一个起点。你到底在课堂上做什么取决于你自己