Python 尝试读取FASTA格式的文件，然后写入另一个Genbank格式的文件

尝试使用BioPython中的Seq和SeqIO对象读取包含基因组序列的文件。无法使用open命令。程序应该接受一个命令行参数，该参数包含包含输入基因组的FASTA文件的名称

它创建了文件，但文件中没有任何内容。不知道我错过了什么

这就是我所拥有的：

来自Bio.Seq导入序列
来自Bio import SeqIO
从Bio.SeqRecord导入SeqRecord
从Bio.Alphabet导入IUPAC
记录列表=[]
对于SeqIO.parse中的SeqRecord（'bacterium_genome.fna'，'fasta'）：
myseq=SeqRecord.seq
myseq.alphabet=IUPAC.unambigular\u dna
recordlist.append（SeqRecord）
SeqIO.write（记录列表，'bacterium_genome.gb'，'gb'）

您所做的实际上应该是可行的（假设文件中有一个有效的非空输入），但对于不必要的导入来说并不是那么优雅。您可以直接修改字母表，然后在每次迭代时将序列记录写入输出文件句柄：

from Bio import SeqIO
from Bio.Alphabet import IUPAC

with open('bacterium_genome.gb', 'w') as out_f:
    for record in SeqIO.parse('bacterium_genome.fna', 'fasta'):
        record.seq.alphabet = IUPAC.unambiguous_dna
        SeqIO.write(record, out_f, 'genbank')

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您所做的实际上应该是可行的（假设文件中有一个有效的非空输入），但对于不必要的导入来说并不是那么优雅。您可以直接修改字母表，然后在每次迭代时将序列记录写入输出文件句柄：

from Bio import SeqIO
from Bio.Alphabet import IUPAC

with open('bacterium_genome.gb', 'w') as out_f:
    for record in SeqIO.parse('bacterium_genome.fna', 'fasta'):
        record.seq.alphabet = IUPAC.unambiguous_dna
        SeqIO.write(record, out_f, 'genbank')

我试着不使用“with open”我试着不使用“with open”