Python 如何使用AllenSDK获取单元所属的集群?

Python 如何使用AllenSDK获取单元所属的集群?,python,neuroscience,allen-sdk,Python,Neuroscience,Allen Sdk,在“小鼠视觉皮层的细胞分类”页面上,顶行显示了小鼠视觉皮层细胞的集群名称列表: 问题:给定一个小鼠视觉皮层细胞的样本ID(例如),如何找到该细胞所属的集群名称? 我可以通过AllenSDKget_cell(id)方法获取单元元数据,但是返回的元数据似乎不包含集群的名称。好问题 细胞类型数据库包含两组数据集——一组只有转录组学的细胞(参见),另一组有电生理学的细胞,其中一些细胞还具有形态学()。有关这些研究中使用的实验概述和方法的详细信息,请参阅文档部分()中的白皮书 你问题中的示例细胞具有电生

在“小鼠视觉皮层的细胞分类”页面上,顶行显示了小鼠视觉皮层细胞的集群名称列表:

问题:给定一个小鼠视觉皮层细胞的样本ID(例如),如何找到该细胞所属的集群名称?

我可以通过AllenSDK
get_cell(id)
方法获取单元元数据,但是返回的元数据似乎不包含集群的名称。

好问题

细胞类型数据库包含两组数据集——一组只有转录组学的细胞(参见),另一组有电生理学的细胞,其中一些细胞还具有形态学()。有关这些研究中使用的实验概述和方法的详细信息,请参阅文档部分()中的白皮书

你问题中的示例细胞具有电生理学和形态学,但没有转录组学,因此它并不固有地属于转录组簇

AllenSDK目前支持下载电生理形态学细胞的元数据,但不支持仅转录组学细胞的元数据。您可以将这些单元格作为CSV文件下载元数据。如果您希望能够从AllenSDK而不是平面CSV文件访问转录组学元数据,请在AllenSDK问题跟踪器()上创建问题

好消息——几天后,我们将发布您在这里看到的许多数据()的集群分配,包括鼠标视觉皮层数据集。这将包括一些数据集的更多单元格。您将能够以CSV文件的形式下载这些数据,包括集群分配和元数据

请注意,细胞类型数据库中可用的小鼠视觉皮层数据与细胞分类学科学案例研究中的数据是一组不同的细胞(和分析方法)


谢谢你的提问

哦,我明白了,这有助于我理解为什么我没有看到集群分配。非常感谢。期待新的数据发布。新的数据发布已经完成。享受吧!