关于树状图-python（Scipy）的几个问题

我是scipy的新手，但我成功地获得了预期的树状图。我还有一些问题

在树状图中，一些点之间的距离为

0

，但不是 由于图像边框可见。我如何删除边框并使其生效 y轴的下限为

-1

，以便清晰可见。 e、 g.这些点之间的距离为

0

（13,17）、（2,10）、（4,8,19）

如何在特定距离上修剪/截断。例如，在

0.4处修剪

如何将这些集群（修剪后）写入文件

我的python代码：

import scipy
import pylab
import scipy.cluster.hierarchy as sch
import numpy as np

D = np.genfromtxt('LtoR.txt', dtype=None)
def llf(id):
    return str(id)
fig = pylab.figure(figsize=(10,10))
Y = sch.linkage(D, method='single')
Z1 = sch.dendrogram(Y,leaf_label_func=llf,leaf_rotation=90)
fig.show()
fig.savefig('dendrogram.png')

树状图：

谢谢。

1。

fig.gca（）。在这里设置ylim（-0.4,1.2）

gca（）

返回当前的

轴

对象，因此您可以给它一个名称

ax=fig.gca()
ax.set_ylim(-0.4,ax.get_ylim()[1])

您可以使用修剪树状图并获得簇。 要以0.4的距离修剪，请执行以下操作：

clusters=sch.fcluster（Y，t=0.4，标准为‘距离’）

结果数组（

clusters

）包含数据中每个观测值的群集标签。可以使用以下命令写入阵列：

np.savetxt（'clusters.txt'，clusters，delimiter='，'）

---

由于轴的原因，显示边框。因此，可以使用以下命令删除边框：

fig = plt.figure(figsize=(10, 8))
ax2 = fig.add_axes([0.3, 0.71, 0.6, 0.2])
Y = sch.linkage(D, method='ward')
Z2 = sch.dendrogram(Y)
ax2.set_xticks([])
ax2.set_yticks([])
ax2.axis('off')

ax.axis（'off'）

隐藏边框