在python中将头添加到子进程的标准输出

我正在将多个数据帧合并为一个，并使用

unix sort

对它们进行排序。在写入最终排序的数据之前，我想在输出中添加前缀/标题

因此，我的代码类似于：

my_cols =  '\t'.join(['CHROM', 'POS', "REF" ....])

my_cmd = ["sort", "-k1,2", "-V", "final_merged.txt"]

with open(output + 'mergedAndSorted.txt', 'w') as sort_data:
    sort_data.write(my_cols + '\n')  
    subprocess.run(my_cmd, stdout=sort_data)

但是，上述doe将

my_cols

放在最终输出文件的末尾（即mergedandsorded.txt）

我还试着替换：

sort_data=io.StringIO(my_cols)  

但这给了我一个错误，正如我所预料的那样

---

如何将该标头添加到子流程输出的开头。我相信这可以通过简单的代码更改来实现。

代码的问题在于缓冲；tldr是指您可以这样修复它：

sort_data.write(my_cols + '\n')
sort_data.flush()
subprocess.run(my_cmd, stdout=sort_data)

如果您想了解为什么会发生这种情况，以及修复程序是如何解决的：

当您以文本模式打开文件时，您正在打开一个缓冲文件。写入数据进入缓冲区，文件对象不一定立即将其刷新到磁盘。（还有从Unicode到字节的流编码，但这并没有真正增加新的问题，它只是增加了两层，在这两层中可能发生相同的事情，所以我们忽略这一点。）

只要您的所有写入操作都是对缓冲文件对象的，就可以在缓冲区中正确地对它们进行排序，从而在磁盘上正确地对它们进行排序

但是，如果您写入底层

sort\u data.buffer.raw

磁盘文件，或者写入

sort\u data.fileno（）

OS文件描述符，则这些写入可能会超前于进入

sort\u data

的写入

这正是在

子流程

中将文件用作管道时发生的情况。这似乎没有直接解释，但可以从以下方面推断：

stdin、stdout和stderr分别指定执行程序的标准输入、标准输出和标准错误文件句柄。有效值包括

PIPE

、

DEVNULL

、现有文件描述符（正整数）、现有文件对象和

None

---

如果您对管道在*nix和Windows上的工作方式了解得足够多，那么这就意味着它正在将实际的文件描述符/句柄传递给底层操作系统功能。但实际上并没有这么说。要真正确定，您必须检查和，您可以看到它正在调用

fileno

或

msvcrt。获取文件对象上的\u osfhandle

。

它有什么错？如果不告诉我们这些，我们只能猜测导致它出错的代码出了什么问题。@abarnert:您可以看到其中一个

sort\u data=io.StringIO.

根本不起作用。另一个

sort\u data.write（my\u cols+'\n'）

将字符串放在输出文件的末尾，尽管它应该放在开头。我不确定为什么投票结束了这个简单明了的问题。另外，我在谷歌上搜索了一个多小时，在网上找到了一个解决方案，并尝试了几次代码修改来修复它。为什么人们在没有充分阅读的情况下就结束/否决了这个问题。另外，这个问题应该是如此全面和详细。真的吗？我怎么能看出它不起作用？我无法运行它，因为

…

，并且不知道

mergedandsordered.txt

中有什么内容，而且，即使我可以，它实际上也不会产生任何输出，所以我如何才能看到它在做什么有什么问题？您的编辑确实解释了它的错误，而不是让我们猜测，这是一个巨大的改进，但它甚至比a更远，因为它在

输出上添加了
namererror
。如果您被要求您提供缺失信息的评论所冒犯，请阅读帮助，并将这些信息放在第一位。至于否决票……老实说，在您解决了问题中最严重的问题后，您通常无法收回它们（因为原始投票人通常不会回来），但是如果您将问题编辑成一个好的问题，你通常会得到足够多的选票来弥补它。但你真的不应该如此关注选票；当然，对于你来说，是否得到一个对你有帮助的答案比没有意义的互联网点更重要？