调用Biopython Sekutils六帧翻译时出现问题

调用Biopython Sekutils六帧翻译时出现问题,python,global,biopython,Python,Global,Biopython,执行以下代码时: from Bio.SeqUtils import six_frame_translations blah = six_frame_translations("ATCGATCGATCG") print(blah) 我得到以下错误: File "C:\Python32\lib\site-packages\Bio\SeqUtils\__init__.py", line 263, in six_frame_translations frames[-(i+1)] = reve

执行以下代码时:

from Bio.SeqUtils import six_frame_translations

blah = six_frame_translations("ATCGATCGATCG")
print(blah)
我得到以下错误:

File "C:\Python32\lib\site-packages\Bio\SeqUtils\__init__.py", line 263, in six_frame_translations
    frames[-(i+1)] = reverse(translate(anti[i:], genetic_code))
NameError: global name 'reverse' is not defined
我使用的是Python 3.23和Biopython 1.59

有什么建议吗?谢谢


查尔斯:这是一只虫子。在2011年8月11日之前,
sekutils
模块有一个功能
reverse
。它在1.54版中被弃用,并且

从文件中:

Bio.SeqUtils中的函数“reverse”在1.54版中被弃用,并且 已在版本1.58中删除。相反,只需将字符串的slice方法用于 一个负一的步骤

因此,看起来他们只是在
six\u frame\u translations()
中未能进行此转换。 您可以向站点提交bug报告,也可以自己修补并向on-GitHub提交请求


如果你感觉特别慷慨,你可以考虑编写一个单元测试来自动检测这个函数的故障-它将帮助像你这样的未来用户。p> 现已修复,-如果您需要紧急使用此功能,请通过编辑C:\Python32\lib\site packages\Bio\SeqUtils\u init\uuu.py(或从源代码重新安装Biopython)在本地应用相同的更改。如果在Python 3上,您还需要重复的问题: