“错误”；GraphViz'；“未找到s可执行文件”；从iPython笔记本中的NetworkX调用GraphViz布局时

在我的代码中尝试使用GraphViz_layout方法时，我收到错误“InvocationException:GraphViz的可执行文件找不到，错误GraphViz的可执行文件找不到”。当graphviz_布局替换为spring_布局时，代码运行良好。从回溯异常信息来看，它似乎调用了pydot_布局。我通过Canopy的包管理器安装了pydot模块，但是导入它并没有帮助。我还安装了pip graphviz，并在没有运气的情况下导入了它

这是我的密码：

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

keywordTreeFile = open('decode_wordnet/keywordTreeFile.TXT','r') #keyword generation file
keywordTreeFileLineData = keywordTreeFile.readlines()

G = nx.Graph()
pairData = []

for i in range(0,len(keywordTreeFileLineData)):
    pairData = pairData + [keywordTreeFileLineData[i].split('\t')]
    pairData[i][1] = pairData[i][1].rstrip('\n')
    G.add_edge(pairData[i][0],pairData[i][1])

pos = nx.graphviz_layout(G)

nx.draw(G,
        pos=pos,
        width = 1.0,
        with_labels = True,
        font_size = 3,
        linewidths=.1
        )
plt.savefig("graph.pdf")

以下是回溯异常信息：

---------------------------------------------------------------------------
InvocationException                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-e85a11cf6191> in <module>()
     15 
     16 #pos = nx.spring_layout(G,k=.15,iterations=50,scale=100)
---> 17 pos = nx.graphviz_layout(G)
     18 #labels = nx.draw_networkx_labels(G,pos)
     19 nx.draw(G,

/Users/scott/Library/Enthought/Canopy_64bit/User/lib/python2.7/site-packages/networkx/drawing/nx_pydot.pyc in graphviz_layout(G, prog, root, **kwds)
    245     This is a wrapper for pydot_layout.
    246     """
--> 247     return pydot_layout(G=G,prog=prog,root=root,**kwds)
    248 
    249 

/Users/scott/Library/Enthought/Canopy_64bit/User/lib/python2.7/site-packages/networkx/drawing/nx_pydot.pyc in pydot_layout(G, prog, root, **kwds)
    269         P.set("root",make_str(root))
    270 
--> 271     D=P.create_dot(prog=prog)
    272 
    273     if D=="":  # no data returned

/Users/scott/Library/Enthought/Canopy_64bit/User/lib/python2.7/site-packages/pydot.pyc in <lambda>(f, prog)
   1800             self.__setattr__(
   1801                 'create_'+frmt,
-> 1802                 lambda f=frmt, prog=self.prog : self.create(format=f, prog=prog))
   1803             f = self.__dict__['create_'+frmt]
   1804             f.__doc__ = '''Refer to the docstring accompanying the 'create' method for more information.'''

/Users/scott/Library/Enthought/Canopy_64bit/User/lib/python2.7/site-packages/pydot.pyc in create(self, prog, format)
   1951             if self.progs is None:
   1952                 raise InvocationException(
-> 1953                     'GraphViz\'s executables not found' )
   1954 
   1955         if not self.progs.has_key(prog):

InvocationException: GraphViz's executables not found

---------------------------------------------------------------------------
调用异常回溯（最近一次调用上次）
在（）
15
16#pos=nx.spring_布局（G，k=0.15，迭代次数=50，比例=100）
--->17位置=nx.图形布局（G）
18#标签=nx.绘制网络x标签（G，位置）
19 nx.图纸（G，
/图形布局中的Users/scott/Library/enthught/Canopy_64bit/User/lib/python2.7/site-packages/networkx/drawing/nx_pydot.pyc（G，prog，root，**kwds）
245这是pydot_布局的包装。
246     """
-->247返回pydot_布局（G=G，prog=prog，root=root，**kwds）
248
249
/pydot_布局中的Users/scott/Library/enthught/Canopy_64bit/User/lib/python2.7/site-packages/networkx/drawing/nx_pydot.pyc（G，prog，root，**kwds）
269 P.set（“根”，make_str（根））
270
-->271 D=P.创建点（prog=prog）
272
273如果D==”：#没有返回数据
/Users/scott/Library/enthund/Canopy_64bit/User/lib/python2.7/site-packages/pydot.pyc in（f，prog）
1800自我保护__(
1801“创建”+frmt，
->1802 lambda f=frmt，prog=self.prog:self.create（format=f，prog=prog））
1803 f=自我记录（创建+frmt）
1804 f.uuu doc_uuuu=''有关详细信息，请参阅“创建”方法附带的文档字符串。“”
/创建（self、prog、format）中的Users/scott/Library/enthund/Canopy_64bit/User/lib/python2.7/site-packages/pydot.pyc
1951如果self.progs为无：
1952年(
->1953年“未找到GraphViz的可执行文件”）
1954
1955如果不是自编程，则具有_键（编程）：
调用异常：找不到GraphViz的可执行文件

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系统信息：我使用的是64位Mac OS X 10.9.5上最新版本和模块的Enthound Canopy。此外，我使用的是iPython笔记本电脑。

我通过使用macports在Mac上安装GraphViz解决了这个问题：

sudo port install graphviz

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在这种情况下，仅安装python软件包是不够的。尽管如此，这是一种依赖关系，Enthough本应采用这种依赖关系。

通常，您应该从新安装Macports开始

删除旧的Macports

sudo端口-f已安装卸载
sudo端口清理--工作--归档所有内容

导入、安装和编译最新的Macports源文件

cd~
旋度-O
tar xf MacPorts-2.3.3.tar.bz2
cd MacPorts-2.3.3/
/配置
制造
sudo make安装
端口版本

（可选）更新Macports

sudo端口自更新
sudo端口升级已过时

使用新的Macports安装Graphviz

sudo端口安装图（graphviz）
sudo pip安装--升级graphviz

对于ubuntu用户：-

sudo apt-get install -y graphviz libgraphviz-dev

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这将安装python显示绘图所需的graphviz可执行文件

我收到

错误：找不到graphviz端口

4年后，我建议安装anaconda（或至少一个conda env）。这样做之后，安装Python包和Mac应用程序就变成了一行程序：

conda安装-c anaconda graphviz Python graphviz