python subprocess.call（）在将参数传递给shell脚本之前修改参数？

我正在编写一个python包装器，用于调用AMOS包的程序（特别是使用来自AMOS的好的ol'minimus2合并来自不同来源的基因组程序集）

当直接使用shell时，应该像这样调用脚本：

toAmos -s myinput.fasta -o testoutput.afg
minimus2 testoutput -D REFCOUNT=400 -D OVERLAP=500

[仅供澄清：

-toAmos：将我的input.fasta文件转换为.afg格式，需要输入序列参数（“-s”）和输出参数（“-o”）

-最小值2：根据引用重叠合并序列数据集，需要一个参数“-D REFCOUNT=x”来说明输入中的重新引用序列数，需要一个参数“-D OVERLAP=Y”来说明序列之间的最小重叠]

因此，在我的脚本中，我使用subprocess.call（）调用必要的AMOS工具

基本上我是这样做的：

from subprocess import call:
output_basename = "testoutput"
inputfile = "myinput.fasta"

call(["toAmos", "-s " + inputfile, "-o " + output_basename + ".afg"])
call(["minimus2", output_basename, "-D REFCOUNT=400", "-D OVERLAP=500"])

但在这种情况下，AMOS工具无法再解释参数。这些参数似乎被subprocess.call（）修改并错误地传递。我收到的错误消息是：

Unknown option: s myinput.fasta
Unknown option: o testoutput.afg
You must specify an output AMOS AFG file with option -o
/home/jov14/tools/miniconda2/bin/runAmos: unrecognized option '-D REFCOUNT=400'
Command line parsing failed, use -h option for usage info

这些参数似乎在没有前导“-”的情况下通过？因此，我尝试将命令作为单个字符串（包括参数）传递，如下所示：

call(["toAmos -s " + inputfile +" -o " + output_basename + ".afg"])

但是我得到了这个错误

OSError: [Errno 2] No such file or directory

。。。可能是因为subprocess.call将整个字符串解释为单个脚本的名称。 我想我可能可以尝试

shell=True

作为一种解决方法，但互联网上充斥着明确建议不要这样做的说明

这里有什么问题吗？ 我能做什么？

回答 或者：

call("toAmos -s " + inputfile +" -o " + output_basename + ".afg") # single string

或者：

call(["toAmos", "-s", inputfile, "-o", output_basename + ".afg"]) # list of arguments

讨论 在您的情况下：

call(["toAmos", "-s " + inputfile, "-o " + output_basename + ".afg"])

call(["minimus2", output_basename, "-D REFCOUNT=400", "-D OVERLAP=500"])

你应提供：

• “-s”+输入文件

  （在

  -s

  之后没有空格），

  “-o”+输出_basename+”.afg”

• 或

  “-s”、inputfile

  （单独参数）、

  “-o”、output\u basename+“.afg”

在您的情况下：

call(["toAmos", "-s " + inputfile, "-o " + output_basename + ".afg"])

call(["minimus2", output_basename, "-D REFCOUNT=400", "-D OVERLAP=500"])

“-D REFCOUNT=400”

和

“-D OVERLAP=500”

应分别作为两项提供（

'-D'，REFCOUNT=400'，'-D'，OVERLAP=500'

），或删除空格（

'-DREFCOUNT=400'，'-DOVERLAP=500'

）

附加信息

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您似乎缺乏shell如何分割命令行的知识；我建议您始终使用单字符串方法，除非文件名中有空格或必须使用

shell=False

选项；在这种情况下，我建议您始终提供参数列表。

-s

和以下输入文件名应该是调用的独立参数，因为它们在命令行中：

call(["toAmos", "-s", inputfile, "-o", output_basename + ".afg"])

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第一个选项对我来说也不起作用（见上文末尾的“无此类文件”错误）。但是第二个选择是一个很大的帮助。我没有意识到您必须分别传递参数标志和各自的参数。谢谢，好的。抱歉，刚刚意识到您传递的字符串不是列表。不知何故，我从示例中收集到，subprocess.call（）只接受列表，没有参数的简单命令必须作为只包含一项的列表调用。谢谢你的澄清。啊，好的。我必须分别传递所有标志和各自的参数字符串！我想我必须把每面旗帜和它各自的论点一起通过。我真傻。谢谢如果不在选项字母后添加空格，则调用可以传递每个标志及其各自的参数。选项解析库通常需要一个命令行参数

“-oOPTION\u参数”

或两个命令行参数

“-o”，“Option\u参数”

。这是shell在命令调用时提供的，您也应该提供。在选项字母和选项参数之间添加空格就像在shell中键入

'grep'-F'-e your_pattern'

；这不是预期的，也不会起作用。