Biopython translate（）错误

我有一个看起来像这样的文件：

Type    Variant_class   ACC_NUM dbsnp   genomic_coordinates_hg18    genomic_coordinates_hg19    HGVS_cdna   HGVS_protein    gene    disease sequence_context_hg18   sequence_context_hg19   codon_change    codon_number    intron_number   site    location    location_reference_point    author  journal vol page    year    pmid    entrezid    sift_score  sift_prediction mutpred_score
1   DM  CM920001    rs1800433   null    chr12:9232351:- NM_000014.4 NP_000005.2:p.C972Y A2M Chronicobstructivepulmonarydisease  null    CACAAAATCTTCTCCAGATGCCCTATGGCT[G/A]TGGAGAGCAGAATATGGTCCTCTTTGCTCC   TGT TAT 972 null    null    2   null    Poller  HUMGENET    88  313 1992    1370808 2   0   DAMAGING    0.594315245478036
1   DM  CM004784    rs74315453  null    chr22:43089410:-    NM_017436.4 NP_059132.1:p.M183K A4GALT  Pksynthasedeficiency(pphenotype)    null    TGCTCTCCGACGCCTCCAGGATCGCACTCA[T/A]GTGGAAGTTCGGCGGCATCTACCTGGACAC   ATG AAG 183 null    null    2   null    Steffensen  JBC 275 16723   2000    10747952    53947   0   DAMAGING    0.787878787878788

我想把第13列和第14列中的信息转换成相应的氨基酸。以下是我生成的脚本：

from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet import generic_dna

InFile = open("disease_mut_splitfinal.txt", 'rU')

InFile.readline()
OriginalSeq_list = []
MutSeq_list = []

import csv
with open("disease_mut_splitfinal.txt") as f:
    reader = csv.DictReader(f, delimiter= "\t")
    for row in reader: 
        OriginalSeq = row['codon_change']
        MutSeq = row['codon_number']
        region = row["genomic_coordinates_hg19"]
        gene = row["gene"]
        OriginalSeq_list.append(OriginalSeq)
        MutSeq_list.append(MutSeq)

OutputFileName = "Translated.txt"
OutputFile = open(OutputFileName, 'w')
OutputFile.write(''+region+'\t'+gene+'\n')


for i in range(0, len(OriginalSeq_list)):
    OrigSeq = OriginalSeq_list[i]
    MutSEQ = MutSeq_list[i]
    print OrigSeq
    translated_original = OrigSeq.translate()
    translated_mut= MutSEQ.translate()

    OutputFile.write("\n" + OriginalSeq_list[i]+ "\t" + str(translated_original) + "\t" +MutSeq_list[i] + "\t" + str(translated_mut)+ "\n")

然而，我不断地发现这个错误：

TypeError: translate expected at least 1 arguments, got 0

我对自己做错的事有些不知所措。有什么建议吗

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（即使您没有dropbox，也应该可以下载该文件）

您使用的是字符串方法“translate”，而不是biopython seq object方法translate，我假设您希望这样做。您需要将字符串转换为seq对象，然后将其转换。试一试

from Bio import Seq    
OrigSeq = Seq.Seq(OriginalSeq_list[i])
translated_original = OrigSeq.translate()

或者

from Bio.Seq import Seq
OrigSeq = Seq(OriginalSeq_list[i])
translated_original = OrigSeq.translate()

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您使用的是字符串方法“translate”，而不是biopython seq object方法translate，我假设您希望这样做。您需要将字符串转换为seq对象，然后将其转换。试一试

from Bio import Seq    
OrigSeq = Seq.Seq(OriginalSeq_list[i])
translated_original = OrigSeq.translate()

或者

from Bio.Seq import Seq
OrigSeq = Seq(OriginalSeq_list[i])
translated_original = OrigSeq.translate()

---

您使用的是字符串方法“translate”，而不是biopython seq object方法translate，我假设您希望这样做。您需要将字符串转换为seq对象，然后将其转换。试一试

from Bio import Seq    
OrigSeq = Seq.Seq(OriginalSeq_list[i])
translated_original = OrigSeq.translate()

或者

from Bio.Seq import Seq
OrigSeq = Seq(OriginalSeq_list[i])
translated_original = OrigSeq.translate()

---

您使用的是字符串方法“translate”，而不是biopython seq object方法translate，我假设您希望这样做。您需要将字符串转换为seq对象，然后将其转换。试一试

from Bio import Seq    
OrigSeq = Seq.Seq(OriginalSeq_list[i])
translated_original = OrigSeq.translate()

或者

from Bio.Seq import Seq
OrigSeq = Seq(OriginalSeq_list[i])
translated_original = OrigSeq.translate()

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输出从哪里来？你在哪里使用biopython？你似乎无缘无故地打开了两次文件是的，没错。我不需要两次写入该文件。我还修正了我的输出。你真的只想要区域的最后一个值吗？不，我不想要，但我现在无法得到任何类型的输出。我只想让我的翻译工作，这样我就可以修复我的代码。如果你添加一个链接到实际的文件，它会有所帮助，你的代码中似乎有很多问题
输出来自哪里？你在哪里使用biopython？你似乎无缘无故地打开了两次文件是的，没错。我不需要两次写入该文件。我还修正了我的输出。你真的只想要区域的最后一个值吗？不，我不想要，但我现在无法得到任何类型的输出。我只想让我的翻译工作，这样我就可以修复我的代码。如果你添加一个链接到实际的文件，它会有所帮助，你的代码中似乎有很多问题
输出来自哪里？你在哪里使用biopython？你似乎无缘无故地打开了两次文件是的，没错。我不需要两次写入该文件。我还修正了我的输出。你真的只想要区域的最后一个值吗？不，我不想要，但我现在无法得到任何类型的输出。我只想让我的翻译工作，这样我就可以修复我的代码。如果你添加一个链接到实际的文件，它会有所帮助，你的代码中似乎有很多问题
输出来自哪里？你在哪里使用biopython？你似乎无缘无故地打开了两次文件是的，没错。我不需要两次写入该文件。我还修正了我的输出。你真的只想要区域的最后一个值吗？不，我不想要，但我现在无法得到任何类型的输出。我只想让我的翻译工作，这样我就可以修复我的代码。如果你添加一个指向实际文件的链接，这会有所帮助，你的代码中似乎有很多问题。当我尝试此操作时，我遇到了一个错误：
AttributeError:type object'Seq'没有属性'Seq'
ah，让它工作了。应该是
OrigSeq=Seq（OriginalSeq\u list[i]）
对不起，您已经从Bio.Seq导入了Seq，而我刚刚导入了Bio.Seq。您应该能够使用“Seq（OriginalSeq_list[i]）”。我将更新我的答案以澄清当我尝试此操作时，我遇到了一个错误：
AttributeError:type对象“Seq”没有属性“Seq”
Ahh，开始工作了。应该是
OrigSeq=Seq（OriginalSeq\u list[i]）
对不起，您已经从Bio.Seq导入了Seq，而我刚刚导入了Bio.Seq。您应该能够使用“Seq（OriginalSeq_list[i]）”。我将更新我的答案以澄清当我尝试此操作时，我遇到了一个错误：
AttributeError:type对象“Seq”没有属性“Seq”
Ahh，开始工作了。应该是
OrigSeq=Seq（OriginalSeq\u list[i]）
对不起，您已经从Bio.Seq导入了Seq，而我刚刚导入了Bio.Seq。您应该能够使用“Seq（OriginalSeq_list[i]）”。我将更新我的答案以澄清当我尝试此操作时，我遇到了一个错误：
AttributeError:type对象“Seq”没有属性“Seq”
Ahh，开始工作了。应该是
OrigSeq=Seq（OriginalSeq\u list[i]）
对不起，您已经从Bio.Seq导入了Seq，而我刚刚导入了Bio.Seq。您应该能够使用“Seq（OriginalSeq_list[i]）”。我会更新我的答案来澄清