Python 将XML文件转换为CSV

我有一个

XML

文件，如下所示：

<Organism>
 <Name>Bacillus halodurans C-125</Name>
  <Enzyme>M.BhaII</Enzyme>
   <Motif>GGCC</Motif>
  <Enzyme>M1.BhaI</Enzyme>
   <Motif>GCATC</Motif>
  <Enzyme>M2.BhaI</Enzyme>
   <Motif>GCATC</Motif>
</Organism>
<Organism>
 <Name>Bacteroides eggerthii 1_2_48FAA</Name>
</Organism>

Bacillus halodurans, GGCC
Bacillus halodurans, GCATC
Bacillus halodurans, GCATC
Bacteriodes, 

Bacillus halodurans, GGCC
Bacillus halodurans, GGCC
Bacillus halodurans, GGCC

我实现这一点的方法是创建一个元组列表，其中包含

生物体名称

和

主题

。我使用

ElementTree

模块进行了尝试：

import xml.etree.ElementTree as ET

tree = ET.parse('file.xml')
rebase = tree.getroot()

list = []

for organisms in rebase.findall('Organism'):
        name = organisms.find('Name').text
        for each_organism in organisms.findall('Motif'):
            try:
                motif = organisms.find('Motif').text
                print name, motif
            except AttributeError:
                print name

但是，我得到的输出如下所示：

<Organism>
 <Name>Bacillus halodurans C-125</Name>
  <Enzyme>M.BhaII</Enzyme>
   <Motif>GGCC</Motif>
  <Enzyme>M1.BhaI</Enzyme>
   <Motif>GCATC</Motif>
  <Enzyme>M2.BhaI</Enzyme>
   <Motif>GCATC</Motif>
</Organism>
<Organism>
 <Name>Bacteroides eggerthii 1_2_48FAA</Name>
</Organism>

Bacillus halodurans, GGCC
Bacillus halodurans, GCATC
Bacillus halodurans, GCATC
Bacteriodes, 

Bacillus halodurans, GGCC
Bacillus halodurans, GGCC
Bacillus halodurans, GGCC

只有第一个

motif

被记录。这是我第一次使用

ElementTree

，所以有点让人困惑。任何帮助都将不胜感激

---

在写入

CSV

文件时，我不需要任何帮助。

您需要解决的唯一问题是替换：

motif = organisms.find('Motif').text

与：

您已经在

生物体内的
Motif
节点中进行迭代
每个_生物体
循环变量都持有一个
模体
标记的值


我还将更改变量名以避免混淆。此外，我认为在
Motif
标记上的循环中不需要
try/except
。如果
name
标记丢失，您可以按照“请求原谅，而不是许可”的方法捕获错误：

for organism in rebase.findall('Organism'):
    try:
        name = organism.find('Name').text
    except AttributeError:
        continue

    for motif in organism.findall('Motif'):
        motif = motif.text
        print name, motif

工作起来很有魅力。但是，在文件中的某些点上，
有机体
标记下只有一个
名称
标记。在这种情况下，我得到的错误是，
AttributeError:'NoneType'对象在
name=Organics.find（'name'）行没有属性“text”
。text
@初学者好的，我已经更新了答案。据我所知，您想跳过没有名字的
有机体
s-为此，我在
除
块中使用了
继续
。谢谢