Python 使用os.system和snakemake.shell的区别

我对snakemake还相当陌生，所以我仍然难以将shell命令和python代码结合起来

我的解决方案是生成脚本文件，然后在此脚本中执行shell命令

在执行命令行的envoking

snakemake.shell

和

os.system

之间是否存在机械上的差异

例如：

sample = ["SRR12845350"]
rule prefetch:
  input:
    "results/Metadata/{sample}.json"
  output:
    "results/SRA/{sample}.sra
  params:
    "prefetch %s -o %s"
  script:
    "scripts/prefetch.py"

而

prefetch.py

是：

from json import load
from snakemake import shell
from os import system

json_file = snakemake.input[0]
prefetch  = snakemake.params[0]
sra_file  = snakemake.output[0]

json    = load(open(json_file))
sra_run = json["RUN_accession"]

shell(prefetch %(sra_run, sra_file))  # option 1
system(prefetch %(sra_run, sra_file))  # option 2

---

shell

只是一个帮助函数，可以更轻松地从snakemake调用命令行参数。学习snakemake可能会让人不知所措，学习Python的

os.system

和

子流程的精细复杂性也会让人感到不必要的复杂。snakemake
shell
命令执行一些健全性检查，设置一些环境变量，例如命令可以使用的线程数和一些其他“小”内容，但只对命令调用
subprocess.Popen
。这两个选项都应该有效，但由于您正在编写snakemake包装器，因此使用shell可能会稍微好一些，因为它是为snakemake设计的。
一些自我宣传：我基于snakemake制作了一个管道，可以从SRA/GEO/ENA/DDBJ为您下载示例。看一看，它可能会做你想做的事情，否则可能会帮助你解决未来的问题：
os.system（）
通常不应该在新代码中使用，除非你完全理解它是如何工作的；使用它时很容易无意中产生安全漏洞。通常（没有任何特定于snakemake的内容），
subprocess.Popen
，
subprocess.run
，等等都应该使用……例如，如果运行
os.system（f“prefetch results/Metadata/{sample}.json-o results/SRA/{sample}.SRA”）
，如果你的代码被传递了一个包含
$（rm-rf~）
@Maarten vd Sande自广告的
示例值，那你的日子会很糟糕-你的工具对于一般的生物信息学分析非常有用-我一定会看看我是否能从中获得一些关于蛇制造设置的灵感，并将此书签以备将来使用@Kasper，这取决于是否使用了
shell=True
。如果它处于关闭状态（默认情况下），将不会处理命令替换，如
$（…）
。