属性错误：'；str'；对象没有属性'；id'；使用BioPython解析fasta

我试图使用Bio和SeqIO打开一个包含多个序列的FASTA文件，编辑序列的名称以删除所有名称末尾的“.seq”（>SeqID20.seq应变成>SeqID20），然后将所有序列写入一个新的FASTA文件，但我得到以下错误

AttributeError: 'str' object has no attribute 'id'

这是我开始的：

with open ('lots_of_fasta_in_file.fasta') as f:
    for seq_record in SeqIO.parse(f, 'fasta'):
        name, sequence = seq_record.id, str(seq_record.seq)
        pair = [name.replace('.seq',''), sequence]
        SeqIO.write(pair, "new.fasta", "fasta")

但我也尝试过这个，得到了同样的错误：

file_in ='lots_of_fasta_in_file.fasta'
file_out='new.fasta'

with open(file_out, 'w') as f_out:
    with open(file_in, 'r') as f_in:
        for seq_record in SeqIO.parse(f_in, 'fasta'):
            name, sequence = seq_record.id, str(seq_record.seq)
            # remove .seq from ID and add features
            pair = [name.replace('.seq',''), sequence]
            SeqIO.write(pair, file_out, 'fasta')

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我假设我在从列表“对”写入新文件时出错，但我不确定要更改什么。任何帮助都将不胜感激

不是针对您的代码的真正解决方案，而是针对您的需要：

sed 's/\.seq$//' lots_of_fasta_in_file.fasta > new.fasta

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此脚本假定一个正确的fasta文件。它将删除任何行末尾的所有“.seq”字符串。在一个正确的fasta文件中，只有ID行应该包含这个字符。

您的错误发生是因为

SeqIO.write

接受

SeqRecord

或

SeqRecord

的列表/迭代器，但您只向它提供了一个类似

[name，sequence]

的列表。相反，我建议您只修改

SeqRecord

.id

和

.description

（注意，如果标题行中有空格，您也需要处理）。同时，一次写入所有记录是最有效的（跨Biopython版本），而不是调用

。每次迭代写入
：

from Bio import SeqIO

def yield_records():
    with open('lots_of_fasta_in_file.fasta') as f:
        for seq_record in SeqIO.parse(f, 'fasta'):
            seq_record.id = seq_record.description = seq_record.id.replace('.seq','')
            yield seq_record

SeqIO.write(yield_records(), 'new.fasta', 'fasta')

这将是有用的，知道这是失败的路线。。。这是
名称，sequence=seq_record.id，str（seq_record.seq）
？知道这一点真是太好了！我有这个信息的其他用途，所以感谢评论！