使用bash脚本向python脚本传递参数

我有一个非常基本的问题，但我对python的了解非常有限。我有一个python脚本，它需要几个参数才能运行（）

我想使用带有一些文件名（每行一个）的文件作为传递给python脚本的第一个参数

我的第一次尝试是创建一个bash脚本（

mat.sh

），如下所示：

#!/bin/bash
for net in $(cat /home/hotnet2-1.0.0/iref/iref.list);
do
export
python createPPRMat.py -e `$net` -i /home/jfertaj/hotnet2-1.0.0/iref/iref_index_genes -o /home/jfertaj/Broad_Stay/hotnet2-1.0.0/iref_influence_matrices
done

/home/hotnet2-1.0.0/iref/iref_edgelist_1
/home/hotnet2-1.0.0/iref/iref_edgelist_10
/home/hotnet2-1.0.0/iref/iref_edgelist_100

但是我遇到了一个错误，python脚本似乎没有解析

$net

变量：

createPPRMat_1.py: error: argument -e/--edgelist_file: expected one argument
mat.sh: line 6: /home/jfertaj/Broad_Stay/hotnet2-1.0.0/iref/iref_edgelist_139: No such file or directory

当我在bash脚本（

“$net”

）中双引号引用变量

net

时，我得到的错误是不同的，指出文件名有问题

Traceback (most recent call last):
File "/home/jfertaj/Broad_Stay/hotnet2-1.0.0/bin/createPPRMat_1.py", line 96, in <module>
run(get_parser().parse_args(sys.argv[1:]))
File "/home/hotnet2-1.0.0/bin/createPPRMat_1.py", line 38, in run
edges = [map(int, l.rstrip().split()[:2]) for l in open(args.edgelist_file)]
IOError: [Errno 2] No such file or directory: '\x1b[01;00m/home/hotnet2-1.0.0/iref/iref_edgelist_164\x1b[0m'

使用

cat-1…

任何帮助都将不胜感激

---

谢谢

python回溯向您展示了问题（正如您所注意到的）

回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“/home/jfertaj/Broad_Stay/hotnet2-1.0.0/bin/createPPRMat_1.py”，第96行，在
运行（get_parser（）.parse_args（sys.argv[1:]））
文件“/home/hotnet2-1.0.0/bin/createPPRMat_1.py”，第38行，运行中
edges=[map（int，l.rstrip（）.split（）[：2]），用于打开的l（args.edgelist_文件）]
IOError:[Errno 2]没有这样的文件或目录：'\x1b[01；00m/home/hotnet2-1.0.0/iref/iref\U edgelist\U 164\x1b[0m'

该文件不是文本文件。它是一个二进制文件。它包含文件名和外壳颜色代码。您需要删除（或过滤掉）这些颜色代码，然后才能逐字使用文件名（或者获取文件的干净副本，并修复向文件吐出颜色代码的任何进程，以停止这样做）

使用backticks时出现的不同错误（缺少参数）是因为backticks将其内容作为命令运行。因此，

`$net`

获取

$net

变量的值，并尝试将其作为shell命令运行，然后用该命令的输出替换带引号的整个backtick字符串

---

这就是为什么会出现“没有这样的文件或目录”错误（因为带有代码的文件名无效）以及随后为什么

-e

标志没有参数（反勾选字符串计算为空字符串，因此您最终得到

-e-i

并且

-e

没有参数）。

\x1b[01；00m/home/hotnet2-1.0.0/iref/iref_edgelist_164\x1b[0m'

输出中的这个看起来像是文件中有颜色控制代码。这不是文本文件。你需要得到一个干净的文本文件，或者去掉这些文件，然后才能工作。好的，我理解颜色控制代码，但是为什么我使用

$net

时，我得到的错误不同？嗯，也许这是一个非常愚蠢的问题…背景标记s将其内容作为命令运行。因此，

`$net`

获取

$net

变量的值，并尝试将其作为shell命令运行，并用命令的输出替换backtick字符串。这就是为什么会出现“没有这样的文件或目录”错误以及

-e

参数没有参数的原因（反勾选字符串的计算结果为空字符串）。感谢@EtanReisner提供的帮助和信息，删除控制代码成功了。如果您发布的评论是一个答案，我将非常乐意为您打分

Traceback (most recent call last):
File "/home/jfertaj/Broad_Stay/hotnet2-1.0.0/bin/createPPRMat_1.py", line 96, in <module>
run(get_parser().parse_args(sys.argv[1:]))
File "/home/hotnet2-1.0.0/bin/createPPRMat_1.py", line 38, in run
edges = [map(int, l.rstrip().split()[:2]) for l in open(args.edgelist_file)]
IOError: [Errno 2] No such file or directory: '\x1b[01;00m/home/hotnet2-1.0.0/iref/iref_edgelist_164\x1b[0m'