Python 如何使用pyfits合并两个表？

我正在使用Python 2.7.10和pyfits 3.3。前面，我使用了以下代码合并了两个表。然而，现在我得到了一些错误

t1 = pyfits.open(table1)[1].columns
t2 = pyfits.open(table2)[1].columns
new_columns = t1 + t2
hdu = pyfits.BinTableHDU.from_columns(new_columns)
hdu.writeto(outtable)

错误是：

Traceback (most recent call last):
 File "<stdin>", line 1, in <module>
 File "/home/vvikraman/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/pyfits/hdu/table.py", line 116, in from_columns
    data = FITS_rec.from_columns(coldefs, nrows=nrows, fill=fill)
 File "/home/vvikraman/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/pyfits/fitsrec.py", line 315, in from_columns
    if arr.hdu.data is None:
ReferenceError: weakly-referenced object no longer exists

回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“”，第1行，在
文件“/home/vvikraman/anaconda2/lib/python2.7/site packages/pyfits/hdu/table.py”，第116行，在from_列中
数据=从列中拟合记录（coldefs，nrows=nrows，fill=fill）
文件“/home/vvikraman/anaconda2/lib/python2.7/site packages/pyfits/fitsrec.py”，第315行，在from_列中
如果arr.hdu.data为无：
ReferenceError:弱引用对象不再存在

这有点令人困惑，我也不是100%确定原因，但我猜：

打开文件本身的结果，

pyfits.open（…）

不会分配给任何内容，因为您可以立即访问第二个HDU的列。这给了你一个很弱的参考：从本质上说，实际数据不再可用，因为文件在某种意义上（可能是真实的，我没有检查）是关闭的。
Pyfits这样做是为了节省内存

令人困惑的是，在分配了

t1

和

t2

之后，仍然可以打印它们的定义，因此实际列似乎就在附近。事实上，仍然存在的是列定义：无法检索实际数据。因此，当您试图从需要实际数据的组合

t1

和

t2

创建新的二进制HDU时，一切都失败了

解决方案是确保对数据进行正确的引用。可能有多种方法可以做到这一点；这似乎对我有用：

hdulist1 = pyfits.open(table1)
hdulist2 = pyfits.open(table2)
t1 = hdulist1[1].columns
t2 = hdulist2[1].columns
new_columns = t1 + t2
hdu = pyfits.BinTableHDU.from_columns(new_columns)
hdu.writeto(outtable)
# explicitly close the HDUs; might free up memory
hdulist1.close()
hdulist2.close()

---

您是否有不能使用

astropy

（即

astropy.io.fits

）的原因

在这种情况下，成语应该是：

from astropy.table import Table, hstack
t1 = Table.read(table1)
t2 = Table.read(table2)
new = hstack([t1, t2])
new.write(outtable)

---

在

read

和

write

调用中，如果表名扩展名不表示适合，则需要提供

format='fits'

。

谢谢Tom和Evert！汤姆，这个答案解决了我的问题。埃弗特，早些时候我做了这些步骤，但没有成功。这是问题的一个很好的解释，谢谢。这揭示了一个微妙的错误，我想我会尝试发布一个修复。然而，Tom Aldcroft的答案是使用更高级别的Astropy表格界面进行表格操作，这是更新代码的方法。FWIW这里有一个问题：