Python ete3:如何从分类id中获取分类等级名称?
我想用它来转换一组标识符,但我需要确切地知道为每个分类代码分配了哪个分类等级。下面显示的是一个有意义的转换示例,但我不知道如何标记一些分类调用。基本的分类等级是:(领域、王国、门、纲、目、科、属和种) 在大多数情况下,这很容易,但在有细菌亚种和菌株的情况下,这可能会令人困惑 如何让ete3指定谱系ID在分类等级中对应的等级?Python ete3:如何从分类id中获取分类等级名称?,python,bioinformatics,taxonomy,ncbi,ete3,Python,Bioinformatics,Taxonomy,Ncbi,Ete3,我想用它来转换一组标识符,但我需要确切地知道为每个分类代码分配了哪个分类等级。下面显示的是一个有意义的转换示例,但我不知道如何标记一些分类调用。基本的分类等级是:(领域、王国、门、纲、目、科、属和种) 在大多数情况下,这很容易,但在有细菌亚种和菌株的情况下,这可能会令人困惑 如何让ete3指定谱系ID在分类等级中对应的等级? import ete3 import pandas as pd ncbi = ete3.NCBITaxa() taxon_id = 505 lineage = ncbi.
import ete3
import pandas as pd
ncbi = ete3.NCBITaxa()
taxon_id = 505
lineage = ncbi.get_lineage(taxon_id)
Se_lineage = pd.Series(ncbi.get_taxid_translator(lineage), name=taxon_id)
Se_lineage[lineage]
1 root
131567 cellular organisms
2 Bacteria
1224 Proteobacteria
28216 Betaproteobacteria
206351 Neisseriales
481 Neisseriaceae
32257 Kingella
505 Kingella oralis
Name: 505, dtype: object
使用
ncbi.get_rank()
获取{id:name}
的字典,然后执行一些基本转换以获取{name:taxonomy}
您应该问,有没有办法迁移这样的问题?