Python Mykrobe预测器AMR预测不起作用

尝试在命令行上执行AMR预测时，我收到以下错误消息

mykrobe predict tb_sample_id tb -1 /home/TB/demo_input_file_for_M.tuberculosis_app.fastq

选择的物种是结核病（TB），而样本数据文件是从Mykrobe网站（）上下载的

还有我收到的错误信息

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/mykrobe", line 9, in <module>
    load_entry_point('mykrobe==0.4.2', 'console_scripts', 'mykrobe')()
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykrobe/mykrobe_predictor.py", line 99, in main
    args.func(parser, args)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykrobe/mykrobe_predictor.py", line 32, in run_subtool
    run(parser, args)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykrobe/cmds/amr.py", line 127, in run
    cp.run()
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykatlas/typing/typer/genotyper.py", line 73, in run
    self._run_cortex()
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykatlas/typing/typer/genotyper.py", line 90, in _run_cortex
    self.mc_cortex_runner.run()
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykatlas/cortex/mccortex.py", line 161, in run
    self._run_cortex()
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykatlas/cortex/mccortex.py", line 173, in _run_cortex
    self._build_panel_binary_if_required()
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykatlas/cortex/mccortex.py", line 190, in _build_panel_binary_if_required
    subprocess.check_output(cmd)
  File "/usr/local/lib/python2.7/subprocess.py", line 566, in check_output
    process = Popen(stdout=PIPE, *popenargs, **kwargs)
  File "/usr/local/lib/python2.7/subprocess.py", line 710, in __init__
    errread, errwrite)
  File "/usr/local/lib/python2.7/subprocess.py", line 1335, in _execute_child
    raise child_exception
OSError: [Errno 2] No such file or directory

回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“/usr/local/bin/mykrobe”，第9行，在
加载入口点（'mykrobe==0.4.2'，'console\u脚本'，'mykrobe'）（）
文件“/usr/local/lib/python2.7/site packages/mykrobe/mykrobe_predictor.py”，第99行，主文件
func（解析器，args）
文件“/usr/local/lib/python2.7/site packages/mykrobe/mykrobe\u predictor.py”，第32行，在run\u子目录中
运行（解析器，args）
文件“/usr/local/lib/python2.7/site packages/mykrobe/cmds/amr.py”，第127行，正在运行
cp.run（）
文件“/usr/local/lib/python2.7/site packages/mykatlas/typing/typer/genetiper.py”，第73行，运行中
self._run_cortex（）
文件“/usr/local/lib/python2.7/site packages/mykatlas/typing/typer/generioper.py”，第90行，在
self.mc_cortex_runner.run（）
文件“/usr/local/lib/python2.7/site packages/mykatlas/cortex/mccortex.py”，第161行，运行中
self._run_cortex（）
文件“/usr/local/lib/python2.7/site packages/mykatlas/cortex/mccortex.py”，第173行，在“运行”cortex中
self.\u构建\u面板\u二进制\u如果需要（）
文件“/usr/local/lib/python2.7/site packages/mykatlas/cortex/mccortex.py”，第190行，如果需要，在“构建”面板的“二进制”中
子进程检查输出（cmd）
文件“/usr/local/lib/python2.7/subprocess.py”，第566行，在check_输出中
进程=Popen（stdout=PIPE，*popenargs，**kwargs）
文件“/usr/local/lib/python2.7/subprocess.py”，第710行，在__
错误读取，错误写入）
文件“/usr/local/lib/python2.7/subprocess.py”，第1335行，在执行子进程中
引发子对象异常
OSError:[Errno 2]没有这样的文件或目录

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如果您有任何建议，我们将不胜感激。

该错误表明缺少

mccortex31

你是按照说明书安装的吗

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我是Mykrobe predictor的作者之一。正如上面有人所评论的，在我们的Mykrobe predictor存储库中作为Github问题可能是问这个问题的正确地方：

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请在此处提出问题。

如何设置导出路径，请使用以下命令：

export path=$path:$（pwd）/bin

再次感谢您。只需打开Linux shell并逐行粘贴命令即可。或者，您可以使用如下指定路径：

mykrobe predict--mccortex31\u path/path/to/mmcortex/bin/mccortex31 tb\u sample\u id tb-1 demo\u input\u file\u for_M.tuberculosis\u app.fastq

当我使用下面的指令时，它似乎可以工作<代码>mykrobe predict--mccortex31_path./mccortex31-t 10 tb_sample_id tb-1 demo_input_file_for_M.tubercum_app.fastq但是，我的nohup.out文件中有一些警告<代码>[seq_reader.c:277]警告：输入文件的最低质量分数为59，但qoffset设置为33:demo_Input_file_for_M.tuberculosis_app.fastq是否预定义了错误的fastq偏移量？还是cortex猜错了？btw，是否可以导出JSON/表格格式文件而不是nohup.out文件？很抱歉一直打扰您，非常感谢。这个问题更适合软件的作者，但请随意提出另一个问题。好的，我明白了。非常感谢你。

cd Mykrobe-predictor
cd mccortex
make    
export PATH=$PATH:$(pwd)/bin
cd ..