Nextflow:python的脚本don'；不保存输出

我对Nextflow中的Python脚本有问题，我的目标是用Python脚本编写一个文件，并将其与Nextflow一起保存在publishdir中（以及在其他过程中使用此文件之后）。 我在nextflow中的流程如下（这些文件是以前定义的）：

python脚本：（我简化了实际过程，但本质是这样的），我需要在nextflow中获得保存在输出文件中的文件

#!/usr/bin/env python3
import argparse
from sys import argv
def main():
   input,output = argv[1:3] 
   out = open(output, "w") 
   #My real operations are here
   out.write("Operations and text") 
   out.close() 

if __name__ == "__main__":
   main()

问题是文件不是保存在发布目录中，而是在nextflow的目录工作中，当我运行工作流时，流程完成，没有错误，但表示DataflowQueue（queue=[]）

谢谢

-----------更新-----------------

我将输入文件更改为文件（）。nextflow.config文件：

params {
  input_file = 'data/old_file.txt'
  output_dir = 'output_new'
}

main.nf

change_file = file(params.input_file)
process writefile{
publishDir "${params.output_dir}/formatted", mode: 'copy'
input:
path file from change_file
output:
path "formattedfile.txt" into file_changed
script:
"""
file2formattedfile.py ${file} formattedfile.txt
"""
}

这更改了nextflow的输出，但我的输入文件不在发布目录中（但在目录工作中）

---

writefile之后的这个路径是我的输入文件所在的路径，我不知道为什么（该目录中没有任何更改）。

使用“更改文件”频道时，您的输入似乎有问题。如果“嫦娥文件”应该是A，请考虑以下内容：

params.change_file = 'my_change_file.txt'
params.output_dir = 'my_output_dir'

change_file = file(params.change_file)


process writefile{

    publishDir "${params.output_dir}/formatted", mode: 'copy'

    input:
    path infile from change_file

    output:
    path "formattedfile.txt" into file_changed

    """
    file2formattedfile.py "${infile}" formattedfile.txt
    """
}

结果:

[d6/5173c1] process > writefile [100%] 1 of 1 ✔

---

如果上述内容没有帮助，请说明“更改文件”频道是如何创建的。

谢谢您的回答！我更改了输入，这也更改了nextflow的输出，但是我的文件还没有在publish目录中。我用新的information@JocHwo您的意思是输入文件不在publishDir中还是输出文件不在publishDir中？对我来说，上面的工作与预期一样，并将输出文件“formattedfile.txt”复制到publishDir。上面更新的代码似乎没有任何问题。您提到您的输入文件不在发布目录中。这是因为，默认情况下，流程输出中不包括输入文件。尝试将路径填充添加到进程“输出”声明中。这将确保捕获它，并让publishDir指令将其复制到输出目录。stdout（/home/myuser/Documentos/…）上的writefile路径只是您的输入文件。在您的实际代码中（上面没有显示），您可能只是用

tag{infle}

或类似的东西标记了流程。

[7d/78559b] process > writefile (/home/myuser/Documentos/dir/pipeline_dir/data/old_file.txt) [100%] 1 of 1 ✔

params.change_file = 'my_change_file.txt'
params.output_dir = 'my_output_dir'

change_file = file(params.change_file)


process writefile{

    publishDir "${params.output_dir}/formatted", mode: 'copy'

    input:
    path infile from change_file

    output:
    path "formattedfile.txt" into file_changed

    """
    file2formattedfile.py "${infile}" formattedfile.txt
    """
}

[d6/5173c1] process > writefile [100%] 1 of 1 ✔