Python 运行Nipype教程时Nibabel中出错

从

nibabel.get_data（）

对niimg进行切片时出现问题

当使用Nipype教程的此功能时

def plot_slice(fname, z_idx=5):
    # Load the image and collect the data
    # and orientation information
    img = nib.load(fname)
    data = img.get_data()
    aff = img.get_affine()

    # Find the center of the brain matrix
    ctr = np.dot(np.linalg.inv(aff), [0, 0, 0, 1])[:3]

    # Plot the data
    vmin, vmax = (0, 1) if data.dtype == np.int16 else (30, 150)
    plt.imshow(np.rot90(data[:, :, ctr[2] + z_idx]), cmap="gray", vmin=vmin, vmax=vmax)
    plt.gca().set_axis_off()

运行

plot_slice("output/run001_bet.nii.gz")

结果是这样的

---------------------------------------------------------------------------
IndexError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-10-5b2c71c131be> in <module>()
----> 1 plot_slice("output/run001_bet.nii.gz")

<ipython-input-8-4c2563317c99> in plot_slice(fname, z_idx)
     12     # Plot the data
     13     vmin, vmax = (0, 1) if data.dtype == np.int16 else (30, 150)
---> 14     plt.imshow(np.rot90(data[:, :, ctr[2] + z_idx]), 
     15                cmap="gray", vmin=vmin, vmax=vmax)
     16     plt.gca().set_axis_off()

IndexError: only integers, slices (`:`), ellipsis (`...`), numpy.newaxis (`None`) and integer or boolean arrays are valid indices

---------------------------------------------------------------------------
索引器回溯（最后一次最近调用）
在（）
---->1个绘图片（“输出/run001\u bet.nii.gz”）
在plot_slice（fname，z_idx）中
12#绘制数据
如果data.dtype==np.int16 else（30150），则为13 vmin，vmax=（0，1）
--->14 plt.imshow（np.rot90（数据[：，：，ctr[2]+z_idx]），
15 cmap=“灰色”，vmin=vmin，vmax=vmax）
16 plt.gca（）.设置轴关闭（）
索引器错误：只有整数、片（`:`）、省略号（`…`）、numpy.newaxis（`None`）和整数或布尔数组是有效的索引

因为ctr[2]是由np.dot返回的，所以它实际上是一个浮点，即使它看起来像一个int。试试int（ctr[2]）+z_idx。

你确定

ctr[2]+z_idx

是一个

int

。这是根据教程笔记本。