Snakemake:使用Python fileConfig（）时缺少运行时错误堆栈跟踪

我有一个带有一条规则的snakefile，它导入一个本地Python脚本，然后引发一个

运行时错误

。当我运行snakefile时，不会显示

RuntimeError

的堆栈跟踪。代码和snakemake输出如下所示

// test.snakefile
rule test_rule:
    run:
        from test import hello
        print(hello)
        raise RuntimeError('raising error')

蛇形输出：

...
[Mon Jan 13 14:45:54 2020]
rule test_rule:
    jobid: 0

Job counts:
    count   jobs
    1   test_rule
    1
hello
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

但是，如果我注释掉

test.py

中的

fileConfig（log\u file\u path）

行并运行snakemake，运行时错误堆栈跟踪将按预期打印：

Error in rule test_rule:
    jobid: 0

RuleException:
RuntimeError in line 5 of /my-dir/test.snakefile:
raising error
  File "/my-dir/test.snakefile", line 5, in __rule_test_rule
  File "/usr/lib/python3.6/concurrent/futures/thread.py", line 56, in run
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

有人知道为什么会这样吗

编辑： 日志记录\u config.ini

[loggers]
keys=root

[handlers]
keys=stream_handler

[formatters]
keys=formatter

[logger_root]
level=INFO
handlers=stream_handler

[handler_stream_handler]
class=handlers.TimedRotatingFileHandler
level=DEBUG
formatter=formatter
args=('/tmp/experiments.log', 'midnight')

[formatter_formatter]
format=%(asctime)s %(name)-12s %(levelname)-8s %(message)s

---

这个问题与

test.py

中如何定义

logging

模块以及如何在

Snakefile

中导入模块有关。下面的设置应该可以工作。请注意代码块内的注释，以了解修改说明

test.py

导入日志
导入操作系统
从logging.config导入fileConfig
fileConfig（'logging_config.ini'）
logger=logging.getLogger（_名称__）#分配给“logger”，日志通过它传递。
logger.info（'test.py debug msg'）#示例日志消息
你好=‘溜溜球’

蛇锉

规则测试\u规则：
运行：
来自测试导入你好，logger.#导入hello和logger
打印（您好）
打印（记录器）
logger.exception（“异常发生”）#将捕获堆栈跟踪（如果有）的错误日志。本例中没有堆栈跟踪。
raise SystemExit（1）#退出时出现非零错误

logging_config.ini-与问题中发布的相同

---

在此设置中，变量

hello

和类

logger

被导入规则

test\u rule

，它们的日志输出被写入文件

/tmp/experiments.log

，如

logging\u config.ini

中配置的，您能显示

logging\u config.ini

的内容吗？想知道

stderr

是否被重定向到配置中指定的某个文件。是否也应该打印hello？@Maarten vd Sande是的，hello打印在堆栈跟踪上方，我只是没有在帖子中复制它。@ManavalanGajapathy编辑了帖子，将

日志记录\u config.ini

！看起来此错误是由于日志设置而不是snakemake的。我认为，如果您将

run

部分中的代码作为单独的python脚本执行，您也会遇到同样的问题。您是否检查了

/tmp/experiments.log

以查看错误消息是否重定向到那里？此外，您可能需要添加。

[loggers]
keys=root

[handlers]
keys=stream_handler

[formatters]
keys=formatter

[logger_root]
level=INFO
handlers=stream_handler

[handler_stream_handler]
class=handlers.TimedRotatingFileHandler
level=DEBUG
formatter=formatter
args=('/tmp/experiments.log', 'midnight')

[formatter_formatter]
format=%(asctime)s %(name)-12s %(levelname)-8s %(message)s