Python 如何根据变量匹配两个文件？

我有两个文件-其中一个看起来像这样（我只显示一部分）：

第二个包含多行，仅由Uniref90_uuxxxxxx字符组成：

UniRef90_A0A0K2VG56 UniRef90_A0A0P5UY87 UniRef90_A0A0V0H4B3 UniRef90_A0A132GS96
UniRef90_A0A095VQ09 UniRef90_A0A0C1UI80 UniRef90_A0A1M4ZSK2 UniRef90_A0A1W1CJV7 UniRef90_A0A1Z9J2X0

我想做的是得到一个列表，以及不同Uniref90_uuuxxxxxx的对应序列（字母…RKMQAATAATG…）

我的意思是，对于第二个文件的第一行，我应该得到4个Uniref90_uuxxxxxx的序列列表。我不想保留第二个文件的“Uniref90_uuxxxxxxx”字符，只保留序列

我需要的一个简短示例：

UniRef90_a0k2vg56 UniRef90_a0p5uy87

你应该给我：

MTTQAPTFTQPLQSVVVLEGSTATFEAHISGFPVPEVSWIRDGQVISTSTLPGVQISFSD
GRAKLTIPAVTKANSGRYSLRATNGSGQATSTAELLVKAETAPPNFVQRLQSMTVRQGSQ
VRLQVRVTGIPTPVVKFYRDGAEIQSSLDFQISQEGELYSLLIAEAYPEDSGTYSVNATN
SVGRATSTAELLVQGEEEVPAKKTKTIVSTAQISESRQTRIE  ###UniRef90_A0A0K2VG56
VEMVIDGATGQQLPHKTPPRIPPKPKSRSPTPPSVAAKAQLGRQQSPSPIRHSPSPVRHV
RAPTPSPVRSVSPAGRISTSPIRSVKSPLLTRKMQAATAATGSEVPPPWKQESYMASSAE
AEMRETTMTSSTQIRREERWEGRYGVQE ###Uniref90_A0A0P5UY87

在Python中有可能做到这一点吗

编辑：

目前，我试图创建一个字典，其中Uniref90_uxxxxxid作为键，相应的序列作为值

f2=open("~/PROJET_M2/data/uniref90.fasta", "r")

fasta={}

for i in f2:
        i=i.rstrip("\n")
        if i.startswith(">"):
                l=next(f2,'').strip()   ### the problem is there I guess
                i=i[1:]
                i=i.split(" ")
                fasta[i[0]]=l
                print(fasta)

---

它不起作用，我的意思是，密钥创建得很好，但正如您在第一个文件中看到的，有几行。此代码仅在Uniref90_uuuxxxxxxxID后添加第一行，而不是所有行。

您可以使用简单的缓冲区（

current

此处）像这样构建词汇：

关于带有关键字的

：

我想其余的都可以吗？
我有一个处理FASTA序列的小函数。它读取一个文件并输出一系列序列。它还处理空行和跨多行的序列

def parse_fasta(fasta_file):
    '''file_path => dict
    Return a dict of id:sequence pairs.
    '''
    d = {}
    _id = False
    seq = ''
    with open(fasta_file,'r') as f:
        for line in f:
            if line.startswith('\n'):
                continue
            if line.startswith('>'):
                if not _id:
                    _id = line.strip()[1:]
                elif _id and seq:
                    d.update({_id:seq})
                    _id = line.strip()[1:]
                    seq = ''
            else:
                seq += line.strip()
        d.update({_id:seq})
    return d

您只需调整
\u id=line.strip（）[1://code>即可丢弃不需要的id行部分。我想
\u id=line.strip（）[1:][0]
就足够了。
这是可能的。尝试…我想创建一个词汇表：我想创建带有行
>UniRef90\u a0k2vg56-Cluster:titin
和相应序列作为值的键。然后，我将循环我的第一个文件，对于找到的每个Uniref90，我将把它与字典中相应的序列相匹配。应该可以吗？您需要尝试并提供您尝试的样本，然后如果您面临问题，我们将能够帮助您。。。我编辑了我的文章。你应该阅读这些行，直到你再次找到以“>”开头的行，例如使用
while
循环，或者使用列表作为缓冲区……精确性：我使用的术语“buffer”是临时存储对象的通用术语，这里是一个简单的字符串（
current
），它不是python类型。
with open("/path/to/file", "r") as f1:
    result, current_id, current = {}, None, ""
    for l in f1:
        print(l)

        if l[0] == ">":
            if current_id:
                result[current_id] = current
            current_id = l[1:].strip()
            current = ""
        else:
            current += l.strip()
    result[current_id] = current

def parse_fasta(fasta_file):
    '''file_path => dict
    Return a dict of id:sequence pairs.
    '''
    d = {}
    _id = False
    seq = ''
    with open(fasta_file,'r') as f:
        for line in f:
            if line.startswith('\n'):
                continue
            if line.startswith('>'):
                if not _id:
                    _id = line.strip()[1:]
                elif _id and seq:
                    d.update({_id:seq})
                    _id = line.strip()[1:]
                    seq = ''
            else:
                seq += line.strip()
        d.update({_id:seq})
    return d