使用os.system（）或subprocess（）通过Python运行Rscript

我在使用os.system（）或SUBSPROCESS（）通过Python运行Rscript时遇到问题

使用os.system（）通过python运行命令通常对我来说很好（例如使用gdalwarp.exe），但对Rscript.exe则不行

我能看到的唯一区别是路径中的空格

在CMD窗口中，通过将路径放在引号中，可以很容易地避免路径中的空格问题。 执行以下命令成功

"C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R"

但我一直在使用Python。 到目前为止，我在python方面做了哪些尝试：

os.system("C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R")
os.system(r"C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R")
os.system(r'"C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R"')
subprocess.call([r'C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe', r'D:/.../otsu_Script.R'])

有人知道我做错了什么吗？ 提前感谢,，

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艾克

在对这样一个简单的问题发疯之后。我决定将RStatistics重新安装到没有空格或点的路径，如：

C:/R/bin/Rscript.exe

现在

子进程调用（[“C:/R/bin/Rscript.exe”，“D:/otsu_Script.R”]）

或

os.system（“C:/R/bin/Rscript.exe D:/otsu\u Script.R”）

工作正常。 两天前就该试过了

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。。。但是现在我还是一个快乐的猴子：-）现在可能太晚了，我看到你解决了这个问题，但是我遇到了一个类似的问题（虽然是在Linux系统中），它现在可能会帮助其他人；在python内部调用此命令时，该命令不起作用，尽管它直接在终端/命令行上工作

os.system("R CMD BATCH ./read_lengths_batch.R")

我尝试了许多解决方案，包括

子流程

和其他解决方案，但发现比这更简单。在我的例子中，我知道在Windows中可能会有所不同，我只需要在调用结束时添加一个

&

，它就可以在后台运行了。不知何故，它似乎会关闭与Python脚本，而不是做它的工作

os.system("R CMD BATCH ./read_lengths_batch.R &")

奇怪的是，如果在我的文件夹中，我用扩展名

.txt

复制同一个文件：

read\u length\u batch.R

和

read\u length\u batch.txt

，它也能工作

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希望它能帮助别人

调用外部程序的正确方法是使用

子进程

。那么这个解决方案有什么问题吗？subprocess命令应该可以工作

system

使用

cmd/c命令行

，因此将整个命令行用引号括起来，例如

os.system（“'c:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe”“D:/…/otsu_Script.R”“）

。正斜杠在这里工作是因为参数被引用（即正斜杠不会被解释为开关），所以不需要

r“raw string”

。很抱歉，请关闭

os.system（“'C:/…script.r”“）

或

子进程.call（[r'C:/…script.r'）

。