在R中，如何使用一个表，在另一个表中定义用于双向方差分析的列？

我有两张桌子，m和epi。epi表包含m个列的名称

  head(m[,1:6])
         Geno    11DPW      8266         80647        146207    146227
1 SB002XSB012 0.87181895    G/G           C/C          G/G        A/A
2 SB002XSB018         Na    G/G           C/T          G/G        A/A
3 SB002XSB044   1.057744    G/G           C/C          G/G        A/A
4 SB002XSB051 1.64736814    G/G           C/C          G/G        A/A
5 SB002XSB067 0.69987475    A/G           C/C          G/G        A/G
6 SB002XSB073 0.60552177    A/G           C/C          G/G        A/G

    > dim(m)

[1]   167 28234
and 
head(epi)
       SNP1      SNP2
1  7789543   12846898
2 12846898  7789543
3 24862913  4603896
4  4603896   24862913
5 50592569  7789543
6 27293494   57162585

    dim(epi)

[1] 561   2

我想取每一行epi，并在11DPW的m中对这两列进行双向方差分析。 我试过了

---

f我怀疑您在
epi
中的值是数字，但您要使用的是它们的字符等价物，因为
m
中的列名是字符串（即使这些字符串由数字组成）。请尝试以下方法：

m[[as.character（epi[x，]）]]
（etc）

[[
运算符很奇怪，但很酷。
我怀疑您在
epi
中的值是数字，但您要使用的是它们的字符等价物，因为
m
中的列名是字符串（即使这些字符串是由数字组成的）。请尝试以下方法：

m[[as.character（epi[x，]）]]
（etc）

[[
运算符很奇怪，但很酷。
暂时不考虑使用整数作为列名的复杂性（即，假设此问题得到正确处理）

如果
epi
中指示的列不存在于
m
这是第一部分。第二，我们需要将整数作为列名处理。非常重要：如果使用m[，7823]，这将得到m的第7823列。您必须确保将整数转换为字符串，这表明您需要名为“7823”的列，而不是（必要的）第7823列

将
用作.character
用于此：

   m[, as.character(x[[1]])]

把它们放在一起
有问题的元素暂时把使用整数作为列名带来的复杂性放在一边（也就是说，假设这个问题得到了正确处理）

如果
epi
中指示的列不存在于
m
这是第一部分。第二，我们需要将整数作为列名处理。非常重要：如果使用m[，7823]，这将得到m的第7823列。您必须确保将整数转换为字符串，这表明您需要名为“7823”的列，而不是（必要的）第7823列

将
用作.character
用于此：

   m[, as.character(x[[1]])]

把它们放在一起
有问题的元素使用
as.formula
从字符串创建
lm
的公式，您可以使用
paste
进行组装。使用
as.formula
从字符串创建
lm
的公式，您可以使用
paste
进行组装。谢谢，R标识m[（epi[1,1]）]，但当我将其放入函数中时，如下所示：f您的函数
f
是否独立工作？仅尝试将
f
与您的
apply
调用分离，您可能会告诉
apply
对
epi
行中的值进行操作，但您的函数
f
需要矩阵
epi
作为输入。Thanks，R识别m[[（epi[1,1]）]，但当我将其放入函数中时，如下所示：f您的函数
f
是否自行工作？仅尝试将
f
与您的
apply
调用分开，您可能会告诉
apply
对
epi
行中的值进行操作，但您的函数
f
需要矩阵
epi
作为输入。
Instead of       epi[x, 1]   and    epi[x, 2]
You want to use  x[[1]]      and    x[[2]]

   m[, as.character(x[[1]])]

offendingElements <- !sapply(epi, "%in%", colnames(m))
offendingRows <- which(offendingElements) %% nrow(epi)   

apply(epi[-offendingRows, ], 1, function (x) 
   anova( lm ( as.numeric(m$"11DPW") ~ m[, as.character(x[[1]]) ] * m[, as.character(x[[2]]) ] ))
)

# clean up the elements in epi
epi.clean <- sapply(epi, make.names)

# clean up m's column names
colnames(m) <- make.names(colnames(m))

# use epi.clean  in your apply statement.  Dont forget offendingRows
apply(epi.clean[-offendingRows, ], 1, function (x) 
   anova( lm ( as.numeric(m$"11DPW") ~ m[, x[[1]] ] * m[, x[[2]] ] ))
)