R 将聚类结果叠加到排序上

我需要在排序结果（NMDS）上叠加从给定相似度的树状图切割生成的聚类。我一直在研究ade4和素食主义者，但没有找到任何明显的解决方案

我目前正在使用Primer-e（见下面的屏幕截图），但我发现图形有点有限。在正确的方向上的任何一点都是非常值得赞赏的

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这对于纯素食者来说非常容易，我有一个例子详细解释了其中的一些，但没有关于聚类的部分

这里是一个简单的例子，我假设您可以将其转换为您正在使用的任何包/代码

加载包和数据集

require(vegan)
data(dune)

计算相异矩阵并对其进行聚类，切割树状图，得到3组

dij <- vegdist(dune) ## bray curtis dissimilarity
clu <- hclust(dij, method = "average")
grp <- cutree(clu, 3)

请注意，现在可以为数据集中的每个样本（顶行）使用集群成员资格（第二行）

下一步，安装nmd

set.seed(2) ## setting a seed to make this reproducible
ord <- metaMDS(dune)

剩下的就是绘制国家导弹防御系统，并添加点和图例。我在

plot（）

调用中禁止任何打印，这样我就可以更好地控制在下一行添加点。第三行只是添加了一个图例

plot(ord, type = "n", display = "sites")
points(ord, col = col[grp], bg = col[grp], pch = 21)
legend("topright", legend = paste("Cluster", 1:3),
       col = col, pt.bg = col, bty = "n", pch = 21)

结果图应如下所示：

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更新：要为排序图中的每个点簇添加凸面外壳，可以使用

ordishull（）

函数。继续上面的示例，我们添加凸面外壳，如下所示

ordihull(ord, groups = grp, display = "sites")

在这一点上，该图将与下面的图相似

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注意：素食者的更高层次的

plot（）

方法是专门设计的，目的是快速、肮脏地显示排序结果，因此；不接受颜色向量或打印字符。相反，我们希望您建立您的绘图流低级方法，例如我在这里使用的

points（）

方法。

感谢您的出色回答！我只是想知道……在Primer中，有可能用一个边界（见上面的屏幕截图）将集群的成员包围起来，从而“保存”颜色和点形状，以传达环境数据。这是否可能使用素食主义者？是的，请参阅

？或
。我再举个例子，太棒了！再次感谢您的帮助，也感谢您维护一个伟大的r软件包。漂亮的解决方案！非常感谢。我改变了显示标签的方式，因此使用了
文本（ord，col=col[grp]，labels=rownames（ord））
而不是
点。
R> col[grp]
 [1] "red2"       "red2"       "red2"       "green4"     "red2"      
 [6] "red2"       "red2"       "red2"       "mediumblue" "green4"    
[11] "red2"       "red2"       "red2"       "red2"       "red2"      
[16] "green4"     "green4"     "mediumblue" "red2"       "red2"

plot(ord, type = "n", display = "sites")
points(ord, col = col[grp], bg = col[grp], pch = 21)
legend("topright", legend = paste("Cluster", 1:3),
       col = col, pt.bg = col, bty = "n", pch = 21)

ordihull(ord, groups = grp, display = "sites")