在R中绘制两个不同组中多个测量值的分布
我在两个组中测量了大约1000个变量,每个组有10个副本,换句话说,我有两个数据帧,每个数据帧有10列和1000行 我想展示我的测量值在两个不同的组中的分布,以拾取组间显著不同的变量。我最初的想法是做一个大型散点图,其中x坐标是变量的迭代,y坐标是测量,点可以用颜色编码。它并没有像预期的那样工作,但是,我得到了一个散点图矩阵 我试着用方框图在R中绘制两个不同组中多个测量值的分布,r,plot,distribution,R,Plot,Distribution,我在两个组中测量了大约1000个变量,每个组有10个副本,换句话说,我有两个数据帧,每个数据帧有10列和1000行 我想展示我的测量值在两个不同的组中的分布,以拾取组间显著不同的变量。我最初的想法是做一个大型散点图,其中x坐标是变量的迭代,y坐标是测量,点可以用颜色编码。它并没有像预期的那样工作,但是,我得到了一个散点图矩阵 我试着用方框图 ratios1 <- as.data.frame(matrix(rnorm(10000) * 100, 1000, 10)) boxplot(t(lo
ratios1 <- as.data.frame(matrix(rnorm(10000) * 100, 1000, 10))
boxplot(t(log2(ratios1)), horizontal = T)
但这也不太管用,因为我只得到了图表上的第一个变量
如何显示此类信息
首先,列对应变量,行对应观察值,而不是相反
set.seed(42)
ratios1 <- as.data.frame(matrix(rnorm(10000) * 100, 10, 1000))
set.seed(42)
比率1
set.seed(42)
ratios1 <- as.data.frame(matrix(rnorm(10000) * 100, 10, 1000))
library(reshape2)
ratios2 <- melt(ratios1)
library(ggplot2)
ggplot(ratios2, aes(x = as.numeric(variable), y = value)) +
stat_summary(fun.data = function(y) as.data.frame(setNames(as.list(quantile(y, probs = c(0.025, 0.5, 0.975))), c("ymin", "y", "ymax"))),
color = "blue") +
stat_summary(fun.data = function(y) as.data.frame(setNames(as.list(quantile(y, probs = c(0.25, 0.5, 0.75))), c("ymin", "y", "ymax"))),
color = "red") +
xlab("variable")