R.libPaths（）RStudio和命令行R之间的差异

当我从命令行运行R时：

> library(ggplot2)
...
> path.package('ggplot2')
[1] "/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/ggplot2"
> .libPaths()
[1] "/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"                
[3] "/usr/lib/R/site-library"                      
[4] "/usr/lib/R/library"                           
> Sys.getenv('R_LIBS_USER')
[1] "~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13"

（注意：当我从shell中检查时，该环境变量实际上并不存在。）

但从运行在同一机箱上的RStudio服务器，以同一用户身份登录后：

> path.package('ggplot2')
[1] "/home/yang/R/library/ggplot2"
> .libPaths()
[1] "/home/yang/R/library"              "/usr/local/lib/R/site-library"    
[3] "/usr/lib/R/site-library"           "/usr/lib/R/library"               
[5] "/usr/lib/rstudio-server/R/library"
> Sys.getenv('R_LIBS_USER')
[1] "/home/yang/R/library"

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你能解释一下为什么默认情况下这些是不同的吗？这是RStudio定制吗？（为什么？）

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因此，RStudio似乎使用自己的libs，设置在/etc/RStudio/rsession.conf中。为什么？谁知道呢。

从消息来源直接回答：

你好

是的，我们有一个自定义的R_LIBS_用户设置，旨在使其 更容易将服务器升级到新版本的R，而无需 每个用户重命名其库目录和/或重新构建其 包装。这样管理员就可以进行升级而不必担心 他们会破坏用户的工作环境（意识到 也可以通过编写执行以下操作的升级脚本来完成 为每个用户进行必要的重命名/重新生成）

完全同意这并非在所有情况下都是可取的。在这里 您可以做些什么来解决这个问题：

Rtudio服务器R_LIBS_用户由以下设置控制 在/etc/rstudio/rsession.conf中：

r-libs-user=~/R/library

此变量支持与R_LIBS_USER相同的通配符（如 此处描述： ) 因此，您可以将其更改为以下内容，以使RStudio的行为正常 像控制台R：

r-libs-user=~/R/%p-library/%v

（注意，我认为这是复制目录的正确语法 显示在您的输出上面，但你肯定要仔细检查 （即）

希望这会把事情弄清楚，并且您可以将事情配置为 你会喜欢的。如果您还有其他问题，请告诉我们，如果没有 按描述工作

J.J

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这些是由具有相同权限的同一用户安装的吗？RStudio是作为Debian软件包安装的，但它使每个用户都可以作为Linux用户进行身份验证，并在其环境中运行。在我的情况下，登录的用户与命令行R用户相同（注意路径中的

/home/yang

）。您是否检查过这些路径中是否有相互的符号链接？是的，它们不是相互的符号链接；它们有不同的内容。我必须在每个环境中分别重新安装所有扩展。JJ Allaire的回答揭示了原因和解决方法。不幸的是，该链接现在说它“关闭”。嘘，嘘。另一个主要答案的链接变得价值最小。