提取tidygraph中特定节点的邻域/子图

我在摸索某些在igraph中相对简单的Tidygraph操作时遇到了一些困难

特别是，我想以不同的顺序分析特定的社区。我想我需要使用变形，但我只是没有让它工作

library(tidygraph)
library(ggraph)

iGraph的实现工作如下： 提取节点x的邻域

v <- net %>% 
  tidygraph::as.igraph() %>% 
  igraph::neighborhood(nodes = "x", order = 1)

我如何使用tidygraph来实现这一点？ 以下实现返回相同的错误：

net %>% 
  tidygraph::morph(to_local_neighborhood, node = "x", order = 1, mode = "all")

net %>% 
  to_local_neighborhood(node = "x", order = 1, mode = "all")

if（is.numeric（v）&&any（v<0））中的

错误{：缺少需要TRUE/FALSE的值

如果您对tidygraph API不太熟悉，那么使用一些基本R函数要比使用更迂回一些，但是我们可以获得节点的索引，用于要求

节点

参数为数字

库（潮汐图）
#>附加包：“tidygraph”
#>以下对象已从“package:stats”屏蔽：
#> 
#>滤器
图书馆（ggraph）
#>加载所需包：ggplot2
#范例
净百分比
tidygraph:：as_tbl_graph（）
#获取作为整数的行名称索引，因为tidygraph要求
节点\u tbl附加包：“tidygraph”
#>以下对象已从“package:stats”屏蔽：
#> 
#>滤器
图书馆（ggraph）
#>加载所需包：ggplot2
#范例
净百分比
tidygraph:：as_tbl_graph（）
净%>%
潮汐图：：转换（到本地社区），
节点=哪个（.N（）$name==“x”），
订单=1，
mode=“all”）%%>%
ggraph（layout=“welly”）+
geom_边缘_链接（）+
几何节点点（尺寸=10，填充=“白色”，形状=21）+
geom_节点_文本（aes（标签=名称））+
主题图（）

---

由（v0.3.0）于2020-07-03创建

似乎不必按节点的名称命名，而必须按位置命名。在您的示例中，节点x是第7个。我目前没有找到比过滤节点、拉出该位置并使用该位置获得子图更好的方法。您还可以使用

dplyr

-type函数

filter

node\u是相邻的

@camille这很不幸。而

node\u是相邻的

将适用于此用例（尽管我还没有测试）。此解决方案似乎不适用于大于1的订单（例如获取邻居的邻居）。是的，可能有更好的方法，不确定。为什么不直接使用

igraph

函数呢？在

tidygraph

类和

igraph

类之间切换似乎很容易。如果将来有人发现这一点，请参阅以了解有关解决方案的更多详细信息。我将尝试稍后发布最终解决方案。

v <- net %>% 
  tidygraph::as.igraph() %>% 
  igraph::neighborhood(nodes = "x", order = 1)

igraph::induced_subgraph(net, vids = unlist(v)) %>% 
  tidygraph::as_tbl_graph() %>% 
  ggraph(layout = "nicely") +
    geom_edge_link() +
    geom_node_point(size = 10, fill = "white", shape = 21) +
    geom_node_text(aes(label = name)) +
    theme_graph()

net %>% 
  tidygraph::morph(to_local_neighborhood, node = "x", order = 1, mode = "all")

net %>% 
  to_local_neighborhood(node = "x", order = 1, mode = "all")

Error in if (is.numeric(v) && any(v < 0)) { : missing value where TRUE/FALSE needed