将表型和基因型转换为R

我有如下数据：

SNP        aa_controls       aA_controls       AA_controls       aa_cases       aA_cases      AA_cases
rs2378938   3412              16822             21987             2635           13197         16573
rs6712069   87                3354              38780             58             2659          29688
rs62445806  2306              15116             24799             1781           11497         19127

          aa     Aa      AA
case      #      #       #
control   #      #       #

这种情况持续了约14k个SNPS

我想测试两个等位基因中的一个或两个是否与每个SNP的更高患病风险相关。所以从逻辑上讲，我想首先为每个SNP创建一个列联表，如下所示：

SNP        aa_controls       aA_controls       AA_controls       aa_cases       aA_cases      AA_cases
rs2378938   3412              16822             21987             2635           13197         16573
rs6712069   87                3354              38780             58             2659          29688
rs62445806  2306              15116             24799             1781           11497         19127

          aa     Aa      AA
case      #      #       #
control   #      #       #

所以我可以对每个SNP进行卡方检验。但是，我在重新配置数据以便生成列联表时遇到问题。然后，对每个表应用卡方检验，并将每个p值存储在字符串或向量中