如何避免此数据集中的for循环？

R中的For循环非常慢，但我不知道如何实现以下目标

如本截图所示：

我希望输出格式如下所示：

> gene_id tss_id x y

其中，

x=isosub$q1\u FPKM/iso.agg$q1\u FPKM//（对应基因id）

这是我的代码，带有

for

循环：

length = length(isosub$gene_id)
tmp = data.frame(isosub$gene_id, isosub$q1_FPKM, isosub$q2_FPKM)
j = 1
denominator_q1 = iso.agg$q1_FPKM[j]
denominator_q2 = iso.agg$q2_FPKM[j]

gene_id = isosub$gene_id
tmpq1 = tmp$isosub.q1_FPKM
tmpq2 = tmp$isosub.q2_FPKM
isoq1 = iso.agg$q1_FPKM
isoq2 = iso.agg$q2_FPKM
o2_q1 = rep(0, length)
o2_q2 = rep(0, length)

i = 0

for (i in 1:length){
     if (gene_id[i+1] == gene_id[i]){
          o2_q1[i] = tmpq1[i] / denominator_q1
          o2_q2[i] = tmpq2[i] / denominator_q2
     }else{
          o2_q1[i] = tmpq1[i] / denominator_q1
          o2_q2[i] = tmpq2[i] / denominator_q2
          j = j + 1
          denominator_q1 = isoq1[j]
          denominator_q2 = isoq2[j]
     }
}

当

length=1000

时，

system.time

显示：

>    user  system elapsed 
>   55.74    0.00   56.45

---

我的实际长度甚至更大：13751。

要合并吗

outdf <- merge(isosub[c("gene_id", "tss_id", "q1_FPKM", "q2_FPKM")],
               iso.agg[c("gene_id", "q1_FPKM", "q2_FPKM")],
               by="gene_id",
               suffix=c(".1", ".2"))
outdf$x <- outdf$q1_FPKM.1 / outdf$q1_FPKM.2
outdf$y <- outdf$q2_FPKM.1 / outdf$q2_FPKM.2

---

outdf如果您在这里寻找避免或加速循环的方法，请查看以下答案：

它帮助我解决了一个类似的问题，并展示了保持必要循环但显著提高性能的方法
 
合并
然后
聚合
outdf <- merge(isosub[c("gene_id", "tss_id", "q1_FPKM", "q2_FPKM")],
               iso.agg[c("gene_id", "q1_FPKM", "q2_FPKM")],
               by="gene_id",
               suffix=c(".1", ".2"))
outdf$x <- outdf$q1_FPKM.1 / outdf$q1_FPKM.2
outdf$y <- outdf$q2_FPKM.1 / outdf$q2_FPKM.2