Plink输出：从R中的单个表获取多个nls输出

我有一个，我想从中得到coef-nls输出

plink输出文件有7列：

CHR_A, BP_A, SNP_A, CHR_B, BP_B, SNP_B, R2

Plink计算了每100kb的R2，现在我想在nls绘图中绘制这些值（在100kb范围内），并根据以下公式获得coef值：

y=exp（a*x）

y

将是100kb内的所有R2值，

x

是标记之间的距离。与此类似的是第9页的图表

我的文件由9条染色体组成，R2是在每100kb的SNP距离上计算的。因此，距离从低到最大100kb，然后从低到100kb再到下一个100kb。所以在我的文件中有很多nls计算要做。我如何做到这一点，使它每次需要一个100kb的距离，然后转到下一个

我想到的是：

data<-read.table("myfile.ld",header=TRUE)
data$distance<-with(data,data$BP_B-data$BP_A)

for (i in "every 100kb apart")
{
  fit[i]<-as.vector(coef(nls(y~exp(a*x,
     control=list(wanOnly=TRUE),start=list(a=-0.05)))))
 }

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data您可以看看这篇文章：您必须将距离和LD值输入到其中的R函数中，然后进行计算。然而，我不认为您的数据集是最佳的。您提到的ppt幻灯片9的距离高达几Mb，而您仅提供距离小于100Kb的LD计算。您首先需要计算不同距离的SNP之间的LD，包括>100Kb。嗨，Fabio，谢谢您的回复，但是由于我的数据非常大，如何以简单的方式将距离和LD值提供给R函数呢。我可以为此写一个for循环吗，但问题是如何写？对于我的研究问题来说，100kb是最大的，所以如果我能保持这样的距离就太好了。