R 不忽略行中NA值的T检验

我有一个蛋白质组学数据集，在其中我比较了两种情况，因此我有条件a（8个重复）和条件B（9个重复）

在蛋白质组学中，我们并不总是对每个复制进行测量，但我们不想消除蛋白质观察（每行都是蛋白质），因为8个复制中有1个呈现NA值

我想使用t测试，我尝试了函数na.action=“na.pass”，但出现了以下错误：

 Error in t.test.default(x[1:8], x[9:17], paired = FALSE, na.action = "na.pass") : 
  not enough 'x' observations 

我举一个数据集的例子：

        C1_1  C1_2  C1_3  C1_4  C1_5  C1_6  C1_7  C1_8  C2_1 C2_2   C2_3  C2_4  C2_5  C2_6  C2_7  C2_8   C2_9
Prot_1  4.42    NA  0.73  0.47  0.84    NA  1.24  0.99 1.21  0.84   0.64  0.61  0.76  0.29  0.88  4.09   1.15
Prot_2  0.56  0.30  0.30  0.27  0.18  0.48  0.59  0.20 0.36  0.40   0.44  0.49  0.33  0.67  0.30  0.50   0.75

我非常感谢你的帮助

致以最良好的祝愿

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Julia

@R-Fever谢谢你提供的信息，看起来我错了。我无法用你提供的数据复制这个问题，代码正在工作。这可能更像是一个伪装成R编码问题的统计问题。关于您的数据，您想知道什么？什么是

Cj_i

s？数据基本上是成对的吗？NAs通过意味着什么？