Rcpp警告：“；找不到选项'-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran'&引用；

这个问题与其他一些问题有关，比如或

但是，我的设置是这样的，我不知道我必须编辑什么/simlink才能使Rccp运行而不给我警告

我在Mac10.9（mavericks）上使用最新的R版本

一开始，我尝试从这里获得的以下代码时，出现了一个错误：

ld: library not found for -lgfortran
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)`  

然后，根据我所做的以下工作：

# Update FLIBS in ~/.R/Makevars
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran
#Re-Install from source
install.packages(c("Rcpp","RcppArmadillo","inline"),type="source")
#Restart R

这只是尝试一下，因为我没有

/usr/local/ceral/gfortran/

目录。事实上，我所有的

libgfortran*

文件都在这里（在macports目录中）：

这里是

/opt/local/lib/gcc48/gcc/x86_64-apple-darwin13/4.8.3/libgfortranbegin.a

，我没有

gfortran

文件

然后我再次尝试了代码，令人惊讶的是，它成功了！。除了我得到警告之外：

ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran' 

因为它当然不存在，但是由该代码创建的函数，

cosineRcpp

，运行起来没有问题

因此，所有这些，询问是否有人知道我是否必须将

/opt/local/lib/gcc48/

上的

libgfortran

文件简单链接为：

ln -s /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.* /usr/local/lib/

然后删除/编辑该行：

FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran

在

~/.R/Makevars

或者如果我必须安装新的东西

提前感谢您的时间

简短回答 只需将

libgfortran

的路径放入

FLIBS

，例如

FLIBS=-L/opt/local/lib/gcc48/

或者，如果您愿意的话，将中的文件符号链接到

/usr/local/lib/

。但是，此解决方案非常脆弱，因为如果您更新

gfortran

，或者将其移动到其他目录，很容易忘记更新此路径

稍长的回答 您可以查询

gfortran

以获取

libgfortran.dylib

的路径，例如

gfortran -print-file-name=libgfortran.dylib

您可以直接在

Makevars

文件中执行此操作；e、 g

FLIBS = -L`gfortran -print-file-name=libgfortran.dylib | xargs dirname`

---

过时的长答案 尝试直接从

gfortran

输出解析适当的

FLIBS

首先是一些背景。

/usr/local/cillar

目录是OS X软件包管理器使用的默认路径。可以将其视为

macports

的替代品

Homebrew现在提供了

gfortran

及其相关库作为

gcc

包的一部分，因此它安装FORTRAN库的路径现在已经改变。但是，可以（通常）使用

gfortran-print search dirs

查找这些文件。例如，在我的系统上

gfortran -print-search-dirs

会给我

install: /usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
programs: =/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/
libraries: =/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../:/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/lib/:/usr/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/lib/

拆分，并用R打印，我看到：

[[1]]
[1] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"

[[2]]
[1] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                    
[2] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                    
[3] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/"                                                                                          
[4] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                
[5] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/"                                                                                      
[6] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[7] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/"                                

[[3]]
[1] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                
[2] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[3] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/"                                
[4] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                       
[5] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../"                                                                       
[6] "/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                                                         
[7] "/lib/"                                                                                                                                                         
[8] "/usr/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                                                     
[9] "/usr/lib/"  

就我而言，

libgfortran

实际上住在这里：

/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../

这就是我们想要传递到

FLIBS

的路径。但是，将其拉出是一种痛苦，所以让我们告诉

FLIBS

使用

gfortran

通常使用的任何路径：

gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||'

这很好，但我们希望库路径的格式适合编译器；即，前面加了

-L

。让我们使用

sed

：

gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'

此输出（为了可读性而拆分）

总之，这意味着至少在OS X上，以下各项应该适用于您，但（通常）应该适用于具有

gfortran

（只要它位于

路径上）的任何平台：

这并不是完美的，例如，如果你的路径中有空格，它将失败——如果你有空格，1）你应该得到你应得的，2）它也应该是一个“相对”容易的修复方法。
对@kevin ushey的答案（至少我需要；我使用Prezto）的一个小调整是在
grep'^libraries:
中添加单引号，结果是：

FLIBS=`gfortran -print-search-dirs | grep '^libraries:' | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'`

将这一行添加到我的
~/.R/Makevars
文件中就成功了
 你在OSX上是偶然的吗？你可以在r-sig-mac中询问；我认为您需要Xcode命令行工具或其他东西。rcpp-devel列表也可能有所帮助。我在Linux上，这些东西“只起作用”。是的，我编辑了这个问题。我使用的是Mac10.9.5，使用的是最新的R版本。我还安装了Xcode。无论如何谢谢你！查看Simon的“Mac上的R”页面了解gfortran。我想你可能需要安装其他东西。仅仅安装Xcode是不够的。您现在（我认为是OSX 10.7之后）需要额外安装命令行工具（从Xcode中）。ATT网站上提供的gfortran版本是gfortran-4.2.3，它警告您大多数其他版本都不完整，并特别警告不要使用HPC版本（不管是什么版本）。@BondedDust:我相信我已经安装了命令行工具，因为我过去需要/使用过它。我稍后会在家里检查，但我很确定我有。哦，男孩：）谢谢你提供的所有细节。我们是否应该更新Rcpp常见问题解答中的相应问题？@kevin Ushey:我知道自制软件，但因为我从未使用过它，所以我不知道默认目录是
/usr/local/ceral
。现在，我喜欢你的简短答案（它有效），我真的，真的喜欢你的长答案（它也有效）。非常感谢你的帮助！
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../
-L/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/lib/
-L/usr/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/lib/

FLIBS=`gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'`

FLIBS=`gfortran -print-search-dirs | grep '^libraries:' | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'`