文件（文件“rt”中的错误：无效'；说明'；complete.cases程序中的参数

我正在编写一个R函数，它读取一个满是文件的目录，并报告每个数据文件中完全观察到的案例数。函数返回一个数据帧，其中第一列是文件名，第二列是完整案例数

比如,

id nobs
1  108
2  345
...
etc

以下是我编写的函数：

complete <- function(directory, id = 1:332) {

  for(i in 1:332) {
    path<-paste(directory,"/",id,".csv",sep="")
    mydata<-read.csv(path)
    #nobs<-nrow(na.omit(mydata))
    nobs<-sum(complete.cases(mydata))
    i<-i+1
  }

  completedata<-c(id,nobs)
}

但我得到了一个错误：

Error in file(file, "rt") : invalid 'description' argument

我还尝试了

traceback（）

函数来调试我的代码，它给出了以下输出：

traceback()
# 4: file(file, "rt") at #6
# 3: read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, 
#    dec = dec, fill = fill, comment.char = comment.char, ...) at #6
# 2: read.csv(path) at #6
# 1: complete("specdata", id = 1:332)

---

如果没有一个完全可复制的示例，很难判断，但我怀疑您的问题在于这一行：

path<-paste(directory,"/",id,".csv",sep="")

path<-paste(directory,"/",id,".csv",sep="")

---

看看是否有效。

您的文件路径似乎有问题。 您正在将完整向量id=c（1:332）传递给文件路径名。 如果文件名为1.csv、2.csv、3.csv等…
您可以更改此行：

path<-paste(directory,"/",id,".csv",sep="")

path<-paste(directory,"/",id,".csv",sep="")

---

path您可以尝试
sapply
，而不是使用
for
读取数据。比如说

mydata我正在研究确切的问题。。目录“specdata”中的文件名以001.csv和002.csv命名。。。。099.csv一直到332.csv文件
但是，当您调用id=1时，您的文件名将变为1.csv，而该目录中不存在该文件名。
尝试使用此函数获取每个id文件的路径

filepaths <- function (id){
    allfiles = list.files(getwd())
    file.path(getwd(), allfiles[id])
}

filepath我遇到了这个问题，因为我试图对数据帧而不是向量运行for循环：

  ids <- th[th$nobs > threshold,]
  for(i in ids) {

应该是：

  ids <- th[th$nobs > threshold,]
  for(i in ids$id) {

ids阈值，]
用于（id$id中的i）{
我在这句话中遇到了同样的问题：

Browse[2]> read.csv(list.files(".", "XCMS-annotated-diffreport--.*csv$"), row.names = 1)
Error in file(file, "rt") : invalid 'description' argument

然后，我发现在同一路径中有两个不同的csv文件，如下所示：

Browse[2]> list.files(".", "XCMS-annotated-diffreport--.*csv$")
[1] "XCMS-annotated-diffreport--1-vs-2-Y.csv" "XCMS-annotated-diffreport--1-vs-2.csv"  

当我删除一个文件时，它会再次工作。
将对象id更改为I-因为您在迭代对象I的for循环中
i、 谢谢Jonathan的快速回复。它解决了错误。谢谢Nathan帮助我解决了问题，让我明白我在哪里犯了错误。
Browse[2]> read.csv(list.files(".", "XCMS-annotated-diffreport--.*csv$"), row.names = 1)
Error in file(file, "rt") : invalid 'description' argument

Browse[2]> list.files(".", "XCMS-annotated-diffreport--.*csv$")
[1] "XCMS-annotated-diffreport--1-vs-2-Y.csv" "XCMS-annotated-diffreport--1-vs-2.csv"