R 没有得到置信区间

我正在努力获得回归线周围的置信区间。我的数据由7列和50000行组成

ID H.FC HFD N.FC NFD Group
G00000000004    1.08403833300442    0.00209119205547622 1.12705351468201    0.0017652841766293  BvsA
    G00000000059    1.70298155378132    0.000146008455537281    1.78927991144484    0.000126476263754446    BvsA
    G00000000067    1.48885136450707    1.94192154467639e-05    1.49169658915702    5.47633140183071e-05    CvsA
    G00000000081    5.92680429312136    3.63075878342954e-06    5.89059544062979    7.07992913581687e-06    DvsA
    G00000000086    0.499795076715132   0.00265935106849242 0.542319766242586   0.00212335608196823 BvsC
    G00000000102    -2.60510733887004   0.000669953697126189    -2.62720386931755   0.000122899865824463    BvsA
    G00000000104    -2.80909148854584   0.00686396994798396 -2.94362698679174   0.00342818761913247 BvsA
    G00000000106    0.255264785072867   0.0388723342557597  0.174743590276556   0.197263787912382   BvsD
    G00000000109    1.32895814248434    0.000311378914835491    1.30541212379603    0.000308851884560488    EvsF

这是我的密码：

data <- read.table("grid_contrast_1-8.tsv", header=T)
df <- data.frame(data$H.FC, data$N.FC, data$Group)
png("grid_scatter.png")
ggplot(df, aes(data.H.FC, data.N.FC, color = data.H.FC)) + 
  geom_point(size = 0.5) +
  stat_smooth(geom = 'line', alpha = 0.5, se = TRUE, color = "black", level = 0.95) +
  facet_wrap(~ data.Group) +
  labs(x = "H", y = "F") +
  scale_color_gradient(low = "#0091ff", high = "#f0650e")
dev_off()

---

dataSE功能区就在那里，它很小！你有大量的观察结果，它们排列得很整齐，所以看起来你的置信区间不是很宽。为了验证这一点，我改变了一些东西。我只取了每组1%的样本，并绘制了图，这样就不会有那么窄的置信区间。我还将置信度提高到了0.999。由于观测较少，
geom_smooth
默认为黄土；不确定是否有用于平滑线的特定参数，但可能需要更改方法及其参数

库（tidyverse）
df%
选择（2,4,6）%>%
集合名（c（“data.H.FC”、“data.N.FC”、“data.Group”））
种子集（123）
df%>%
分组依据（数据组）%>%
样本分数（0.01）%>%
ggplot（aes（data.H.FC，data.N.FC，color=data.H.FC））+
几何点（尺寸=0.5）+
统计平滑（颜色=“黑色”，大小=0.5，级别=0.999）+
facet_wrap（~data.Group）+
实验室（x=“H”，y=“F”）+
缩放颜色渐变（低=“#0091ff”，高=“#f0650e”）
#>`geom_smooth（）`using method='黄土'和公式'y~x'


一直到拐角处，您现在都可以看到SE功能区。这不是你的代码的问题，只是什么变得可见

由（v0.2.0）于2018-04-06创建。
尝试向您的
stat\u平滑
添加
fill=
颜色。我知道，当您使用
method='lm'
参数使用
geom_smooth
时，它会控制CI的可见性，因此在
stat_smooth
中它应该以相同的方式工作，谢谢PoGibas。我试过了。它也不起作用（尝试
level=1-1e-10
尝试过，但没有成功！
ggplot（df，aes（data.H.FC，data.N.FC，color=data.H.FC））+geom_点（size=0.5）+geom_平滑（se=TRUE，color=“black”，level=1-1e-10，method='lm'，fill=“green”）+镶嵌面（~data.Group）+实验室（x=“H”，y=“N”，color=“H”）+比例颜色梯度（low=”0091ff=”高）
您能否提供可复制的示例供人们测试？