R dplyr处理缺失值的热图

因此，在使用geom_tile（）和dplyr包绘制热图时，我遇到了一个小问题。我假设这是一个简单的解决方案，但我还没有在任何地方找到答案。抱歉，如果有一个在那里，我只是错过了它

下面的代码是一个简单的例子：

Trivial <- tibble(
  Name1 = c("a","b","c"),
  Name2 = c("x","y","z"),
  Value = c(1,2,3)
)
Trivial %>%
  ggplot(aes(Name1, Name2)) +
    geom_tile(aes(fill = Value)) +
    scale_fill_gradient(low = "white", high = "green")

微不足道的%
ggplot（aes（名称1、名称2））+
geom_瓷砖（aes（填充=值））+
比例填充梯度（低=白色，高=绿色）

由此生成的热图显示灰色/空白区域，其中没有名称1和名称2组合的信息。有没有办法用白色（或任何其他颜色）来代替显示空白？或者，我可以在情节上加上一个“NA”来表示这些空白确实是空白的吗

我曾尝试在scale\u fill\u gradient中使用na.value参数，但它不起作用。我假设，因为表中没有NAs。然而，我认为这可能是一条前进的道路。我会继续尝试，但任何帮助都将不胜感激

谢谢大家!

您可以使用

expand（）

from

tidyr

获取

Name1

和

Name2

的所有组合，然后用

0

填充所有

NA

，然后绘制热图：

library(tidyr)      
Trivial %>% expand(Name1, Name2) %>% 
  left_join(Trivial, by = c("Name1", "Name2")) %>%
  mutate( Value = ifelse(is.na(Value), 0, Value)) %>%
  ggplot(aes(Name1, Name2)) +
  geom_tile(aes(fill = Value)) +
  scale_fill_gradient(low = "white", high = "green")

结果如下所示：

您可以使用

tidyr

中的

expand（）

获取

Name1

和

Name2

的所有组合，然后用

0

填充所有

NA

，然后绘制热图：

library(tidyr)      
Trivial %>% expand(Name1, Name2) %>% 
  left_join(Trivial, by = c("Name1", "Name2")) %>%
  mutate( Value = ifelse(is.na(Value), 0, Value)) %>%
  ggplot(aes(Name1, Name2)) +
  geom_tile(aes(fill = Value)) +
  scale_fill_gradient(low = "white", high = "green")

结果如下所示：

---

或者您可以添加

它们\u classic（）

我只是使用了

low=“gray”

，因为背景是白色的

您还可以更改背景：

Trivial %>%
    ggplot(aes(Name1, Name2)) +
    geom_tile(aes(fill = Value)) +
    scale_fill_gradient() + 
    theme_classic() +
    theme(panel.background = element_rect(fill = "white", colour = "white"))

---

或者您可以添加

它们\u classic（）

我只是使用了

low=“gray”

，因为背景是白色的

您还可以更改背景：

Trivial %>%
    ggplot(aes(Name1, Name2)) +
    geom_tile(aes(fill = Value)) +
    scale_fill_gradient() + 
    theme_classic() +
    theme(panel.background = element_rect(fill = "white", colour = "white"))

---

你知道这将如何扩展到数千种组合吗？它将扩展到ok ish，我想乔治提供的答案是一种更有效的方式。是的，两个答案都有效，我只是想找出在我的真实场景中哪一个最适合实施……我更喜欢这个解决方案，所以现在就实施它。然而，如果可伸缩性被证明是一个问题，我可能需要重新考虑。谢谢你的帮助：）你知道这将如何扩展到数千个组合吗？它将扩展到ok ish，我想乔治提供的答案是一种更有效的方式。是的，两个答案都有效，我只是想找出哪一个最适合在我的真实场景中实现…我更喜欢这个解决方案，因此，我们现在将实施它。然而，如果可伸缩性被证明是一个问题，我可能需要重新考虑。谢谢你的帮助：）