用R?(来自researchgate的x柱)

用R?(来自researchgate的x柱),r,statistics,correlation,vegan,R,Statistics,Correlation,Vegan,我目前有多个湖泊的物种丰度数据,以及这些湖泊的一些环境变量的测量数据。我决定对R中的数据进行规范对应分析,正如ter Braak和Verdenschot(1995)所证明的,参见链接:(部分:“环境变量重要性排序”) 我对R还不是很好,而且我没有访问文章(CANOCO)中指定的软件的权限。我的问题是,为了对环境变量的重要性进行逐步排序,我必须获得Lambda(这与Wilk的Lambda相同吗?),并在每个CCA约束轴上执行蒙特卡罗置换测试 有人知道我在R怎么做吗?我希望能够使用这种分析 如果要在

我目前有多个湖泊的物种丰度数据,以及这些湖泊的一些环境变量的测量数据。我决定对R中的数据进行规范对应分析,正如ter Braak和Verdenschot(1995)所证明的,参见链接:(部分:“环境变量重要性排序”)

我对R还不是很好,而且我没有访问文章(CANOCO)中指定的软件的权限。我的问题是,为了对环境变量的重要性进行逐步排序,我必须获得Lambda(这与Wilk的Lambda相同吗?),并在每个CCA约束轴上执行蒙特卡罗置换测试

有人知道我在R怎么做吗?我希望能够使用这种分析

如果要在当前模型中测试效果,您需要为
cca()
提供的
anova()
方法,该方法是在包中执行cca()的功能。有关详细信息,请参见
?anova.cca
,可能还有测试边际条款的
by=“margin”
选项

要进行逐步选择,您有两个选项

  • 使用标准的
    step()
    函数处理CCA的类似AIC的统计信息,或
  • 对于在那篇论文中完成并在CANOCO中实现的选择,您需要
    ordistep()
    。这通过排列测试对模型进行正向选择和反向消除测试更改
  • Lambda通常用于表示特征值,而不是Wilk的Lambda。本文将提到伪F统计量,正是这一统计量在测试中被计算出来,排列给出了零假设下的抽样分布,这最终决定了模型中术语的重要性,或术语是否进入或离开模型


    有关更多详细信息,请参阅
    ?或步骤

    这是我需要的,谢谢。我只是使用“by=”margin“使用了‘anova()’,因为我还没有弄清楚如何使‘ordistop()’正常工作。我稍后再试。