R 从距离矩阵到邻接矩阵

我有一个距离矩阵1024x1024，其中包含所有项之间的所有距离。我想从这开始定义一个图。所以我定义了一个最小生成树，并计算了它的邻接矩阵

我的距离矩阵是

distMat

matrix_of_distances <- as.matrix(distMat)
myGraph <- graph.adjacency(matrix_of_distances, weighted=TRUE)

---

matrix\u of_distance错误源于在类
spantree
的对象上使用函数
作为邻接矩阵
，而该对象需要一个
igraph

由于您使用的是
igraph
，一个简单的解决方案是使用
igraph
的函数
mst
从原始“距离图”计算最小生成树

以下是
spantree
如何计算最小生成树：

spt <- spantree(matrix_of_distances)

require(vegan)
data(dune)
dis <- vegdist(dune)
tr <- spantree(dis)

生成的树如下所示（
plot（g_mst，vertex.color=NA，vertex.size=10，edge.arrow.size=0.5）
）：


一旦你有了你的
igraph
树，你就知道你可以把它转换成一个邻接矩阵，函数
就是邻接矩阵

A <- as_adjacency_matrix(mst)

A错误源于在类
spantree
的对象上使用函数
作为邻接矩阵
，当它需要一个
igraph
时

由于您使用的是
igraph
，一个简单的解决方案是使用
igraph
的函数
mst
从原始“距离图”计算最小生成树

以下是
spantree
如何计算最小生成树：

spt <- spantree(matrix_of_distances)

require(vegan)
data(dune)
dis <- vegdist(dune)
tr <- spantree(dis)

生成的树如下所示（
plot（g_mst，vertex.color=NA，vertex.size=10，edge.arrow.size=0.5）
）：


一旦你有了你的
igraph
树，你就知道你可以把它转换成一个邻接矩阵，函数
就是邻接矩阵

A <- as_adjacency_matrix(mst)

A
A <- as_adjacency_matrix(mst)