R包：通过system.file（）和R data.table中的read.table（）读入数据

我正在用

/data

中的几个文件创建一个R包。在R包中加载数据的方法是使用

system.file（）

我想加载到R data.table中的

/data

文件的扩展名为

*.txt.gz

，

my_file.txt.gz

。如何通过

read.table（）

或

fread（）

将其加载到data.table中

在R脚本中，我尝试了：

#' @import data.table
#' @export
my_function = function(){

    my_table = read.table(system.file("data", "my_file.txt.gz", package = "FusionVizR"), header=TRUE)    

}

这会通过

devtools

document（）

导致错误：

我似乎通过

fread（）

这将输出错误：

Input is either empty or fully whitespace after the skip or autostart. Run again with verbose=TRUE.

---

因此，

system.file（）

似乎没有为文件提供可以加载到R data.table中的对象。我该怎么做

帮自己一个大忙，仔细研究

fread（）

：它是

data.table

中最好的功能之一。我有从管道中读取其他命令、读取压缩数据等示例（在工作中）

下面是一个简单的模拟示例：

似乎我写了太多的专栏（行名），但你明白了

现在，您甚至不需要

fread

（但它仍然比其他选项更强大）：

R自己发现需要压缩文件

编辑：我之前在编辑这个问题时，它在我下面被删除了，这几乎是去激励。简言之：

---

• system.file（）

  有效，例如

  file帮你自己一个大忙，仔细研究
  fread（）
  ：它是
  data.table
  中最好的功能之一。我有从管道中读取其他命令、读取压缩数据等示例（在工作中）
  
  下面是一个简单的模拟示例：
  
  似乎我写了太多的专栏（行名），但你明白了
  
  现在，您甚至不需要
  fread
  （但它仍然比其他选项更强大）：
  
  R自己发现需要压缩文件
  
  编辑：我之前在编辑这个问题时，它在我下面被删除了，这几乎是去激励。简言之：
  
  
  system.file（）。出于某种原因，我使用了上面的
  read.table
  ——这两个函数都存在错误。我通常对data.table使用
  fread（）
  。出于某种原因，我使用了上面的
  read.table
  ——这两个函数都存在错误。可以执行两个步骤：1、system.file是否找到该文件？在执行读取步骤之前，通过
  文件检查是否存在。2.如果找到文件，read.csv能处理吗？通过在命令行上运行read.csv和文件的完整路径进行测试。也许您的R版本中没有gzip读取功能？为了帮助我们，请将您的代码或一个说明问题的小示例放在github这样的公共站点上。R软件包可以非常灵活，人们可以在其上使用一系列工具。我很惊讶
  devtools:：document（）
  在函数中运行代码，除非它运行的测试或示例您没有向我们展示。@Spacedman感谢您的帮助。我正在运行
  library（devtools）
  ，然后在包根目录中运行
  document（）
  。由于
  system.file（）
  是以编写R扩展名的形式记录的，所以这个问题应该以研究不足或英语不好而被修改为结束。而且，这是错误的：
  my_function（）=function（）{
  -您没有在函数名中添加
  （）
  ：它应该是：
  my_function=function（）{
  。当我在一个最小的示例上运行
  文档时，我看到以下警告：
  “我的函数（）中的错误=函数（）{（来自fnord.R#1）：”
  @Spacedman谢谢。我已编辑。键入错误。您可以执行两个步骤：1，system.file是否找到文件？在执行读取步骤之前，通过
  file.exists检查是否存在。
  。2.如果确实找到文件，read.csv是否可以处理它？在命令行上运行read.csv并提供文件的完整路径进行测试。也许您没有gzip读取功能R版本中的y？为了帮助我们帮助您，请将您的代码或一个说明问题的小示例放在github这样的公共网站上。R软件包可以很方便地使用，并且有一系列人们使用的工具。我非常惊讶
  devtools:：document（）
  在函数中运行代码，除非它运行的测试或示例您没有向我们展示。@Spacedman感谢您的帮助。我正在运行
  library（devtools）
  然后在包根目录中运行
  document（）
  。As
  system.file（）
  是在编写R扩展时记录的，这个问题应该以研究不足或英语不好而被修改为结束。而且，这是错误的：
  my_function（）=function（）{
  -你没有在函数名中添加
  （）
  ：它应该是：
  my_function=function（）{
  。当我在一个最小的示例上运行
  document
  时，我看到以下警告：
  “my_function（）=function（）{（来自fnord.R#1）：”
  @Spacedman谢谢。我编辑了。我的输入错误。
  Error in read.table(system.file("data", "my_file.txt.gz", package = "FusionVizR"), header = TRUE) (from script1.R#7) : 
    no lines available in input
  In addition: Warning message:
  In file(file, "rt") :
    file("") only supports open = "w+" and open = "w+b": using the former
  
  #' @import data.table
  #' @export
  my_function() = function(){
  
      my_table = fread(system.file("data", "my_file.txt.gz", package = "FusionVizR"), header=TRUE)    
  
  }
  
  Input is either empty or fully whitespace after the skip or autostart. Run again with verbose=TRUE.
  
  R> write.csv(iris, file="/tmp/demo.csv")
  R> system("gzip /tmp/demo.csv")  # to be very plain
  R> fread("zcat /tmp/demo.csv.gz")
        V1 Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width   Species
    1:   1          5.1         3.5          1.4         0.2    setosa
    2:   2          4.9         3.0          1.4         0.2    setosa
    3:   3          4.7         3.2          1.3         0.2    setosa
    4:   4          4.6         3.1          1.5         0.2    setosa
    5:   5          5.0         3.6          1.4         0.2    setosa
   ---                                                                
  146: 146          6.7         3.0          5.2         2.3 virginica
  147: 147          6.3         2.5          5.0         1.9 virginica
  148: 148          6.5         3.0          5.2         2.0 virginica
  149: 149          6.2         3.4          5.4         2.3 virginica
  150: 150          5.9         3.0          5.1         1.8 virginica
  R> 
  
  R> head(read.csv(file="/tmp/demo.csv.gz"))
    X Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
  1 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
  2 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
  3 3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
  4 4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
  5 5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa
  6 6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa
  R>