R 连接散点图中的所有点（可能的组合）

以下是小数据集：

myd <- data.frame(PC1 = rnorm(5, 5, 2), 
PC2 = rnorm (5, 5, 3), label = c("A", "B", "C", "D", "E"))
plot(myd$PC1, myd$PC2)
text( myd$PC1-0.1, myd$PC2, lab = myd$label)

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myd以下是基本图解决方案：

plot(myd$PC1, myd$PC2)
apply(combn(seq_len(nrow(myd)), 2), 2, 
      function(x) lines(myd[x, ]$PC1, myd[x, ]$PC2))

ps <- data.frame(t(apply(combn(seq_len(nrow(myd)), 2), 2, 
                         function(x) c(myd[x, ]$PC1, myd[x, ]$PC2))))
qplot(myd$PC1, myd$PC2) +
  geom_segment(data = ps, mapping = aes(x = X1, xend = X2, y = X3,yend = X4))


以下是ggplot2解决方案：

plot(myd$PC1, myd$PC2)
apply(combn(seq_len(nrow(myd)), 2), 2, 
      function(x) lines(myd[x, ]$PC1, myd[x, ]$PC2))

ps <- data.frame(t(apply(combn(seq_len(nrow(myd)), 2), 2, 
                         function(x) c(myd[x, ]$PC1, myd[x, ]$PC2))))
qplot(myd$PC1, myd$PC2) +
  geom_segment(data = ps, mapping = aes(x = X1, xend = X2, y = X3,yend = X4))

ps在ggplot中，您可以使用
geom_段
绘制连接线

但是首先你必须用每条连接线的坐标来构造一个数据帧。使用
combn（）
查找所有组合：

comb <- combn(nrow(myd), 2)
connections <- data.frame(
  from = myd[comb[1, ], 1:2],
  to   = myd[comb[2, ], 1:3]
)
names(connections) <- c("x1", "y1", "x2", "y2", "label")