在R中禁用默认库

默认的R库

.library

，在Windows下通常不可写。 您需要以管理员身份运行R。对于新软件包，您可以设置并使用个人库，但在基本设置中更新软件包时（例如，通过

update.packages（）

）此操作不起作用

如果您忘记（或不知道您需要）以管理员身份运行，则会得到相同软件包的重复版本，从而影响安装

我认为一种解决方案可以是将所有包复制到个人库中，并禁用默认库。我知道如何向R添加新的库路径，即

.libpath（“my/path”）

，但如何从

.libpath（）

中删除默认库

非Windows用户的更新 一些澄清可能有助于大多数非WindowsR用户理解上述问题

在Windows中，“以管理员身份登录”（最好是以属于管理员组的用户身份登录）和“以管理员身份运行”是完全不同的事情。
在前一种情况下，您只需在登录时提供凭据，就像在Linux中一样；在后者中，您已经以“超级用户”的身份登录，但为了执行潜在的危险操作，您必须请求对Windows的特别许可（证明是您而不是恶意软件）

也就是说，程序（和开发人员）在访问已知Windows的受保护对象（即

C:\Program Files

文件夹）之前，向用户请求权限以避免被操作系统阻止。
即使他们不要求（因为他们认为有知识的用户应该提前授予此权限），也会报告访问失败，如“拒绝访问文件夹等的权限”

对于R版本3.0.2，

update.packages（）

涉及一种情况，即应触发提升的权限请求，因为这可能涉及写入受保护的程序文件夹。不幸的是，R不询问，无法用旧包更新目录

第二个安全网是什么：用户通知？而

install.packages（）

stop ... "'lib' element %s is not a writable directory" ...

当您想到权限问题时，对于其他函数，例如
update.packages（）
，您会得到：

warning ... "package '%s' in library '%s' will not be updated" 

其原因可以是一切

这种情况还会更糟吗？对除了不请求写入“程序文件夹”的权限外，除了不发出权限错误通知，
update.packages（）
，当无法更新受保护文件夹中的包时，实际上会将它们安装到个人用户文件夹中，但不会通知此错误。这类似于
install.packages（）
所做的操作，只是后者会通知并请求权限执行此操作。
因此，您最终会在不同的文件夹中找到相同软件包的两个版本！因此，您的计算将取决于库优先级

这种情况还会更糟吗？对你足够聪明（或谷歌），当你想更新软件包时，你需要“以管理员的身份运行”。您以管理员身份重新启动R，并希望这将修复所有问题。一点也不。R在个人库中看到更新的包，并且不执行操作。因此，您仍然可以使用相同软件包的两个版本。

要解决这个问题，您必须检测重复的包并手动删除它们，然后以管理员身份重新启动R并再次更新（或者编写一个脚本来执行此操作）

显然，解决方案将符合Windows应用程序的预期行为，或者在被阻止采取行动时至少什么也不做（而不是做出未经通知的决定）

同时，我认为完全禁用默认库（位于受保护区域）将是一个临时解决办法

最后一个音符。软件包和软件包更新对于使用R是至关重要的，因此我的拙见是，即使对于像Windows这样GNU不太受欢迎的系统，这个主题也应该得到特别仔细的关注
 一种解决方案是更改
R_LIBS
环境变量。你可以看到这个例子

但如果您没有管理员权限，则可以在加载包时指定位置：

library(my_package, lib.loc="my/path")

更新“基本包”通常通过重新安装来完成。我看不出“更新”具有“优先级”=“基本”状态的单个软件包的理由。@dwn这意味着安装修补程序版本，而您忘记了“推荐”优先级，这些软件包位于CRAN上，并且在R版本之间定期更新，特别是现在R的周期为12个月。@dwn：最近我运行了
update.packages（）
，它试图更新一些3.0.2基本包。我没有以管理员的身份运行该命令，因此遇到了问题。更多信息：我看到了这个问题。为什么要更新“图形”？此外，您没有提供有关已安装版本（任何内容）的信息，因此无法真正了解您在做什么。@Dwin：我不想特别更新它，我想用
update.packages（）
更新系统。我会用3.0.2版本号更新我的问题。