R 在组之间绘制分类数据的公共元素

我的数据如下所示（实际数据有4000行）：

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有人能给我推荐一种更好的方法来绘制这类数据吗。

我不从事微生物学工作，所以我不知道正确回答您的问题的准确分析水平应该是多少。然而，在我看来，您的数据现在的结构方式不足以回答您的问题。例如，我预计一些真菌和细菌物种在

X

中会出现不止一次，但

X

是一个描述特定微生物群落的因子，其中成员级别信息丢失，因为它是在因子级别编码的

然后，我的建议是，将

X

分为单独的分类群，对于这些分类群，想象它们是在土壤中还是在根际中发现的

new_x <- strsplit(tt$X, ";")

# Recombine with original information, you might get a warning about rownames
newdat <- lapply(seq_along(new_x), function(i) {
  cbind(X = new_x[[i]], tt[i,-1])
})
newdat <- do.call(rbind, newdat)

ggplot(newdat, aes(microbiome_type, X, group = X)) +
  geom_point(aes(colour = Type)) +
  geom_line() +
  facet_wrap(~ Reject.null.hypothesis)

new\x
ggplot(tt, aes(microbiome_type, X)) +
  geom_jitter(aes(color = Type), size = 0.9)+
  ggpubr::color_palette("jco")+
  ggpubr::theme_pubclean() +
  theme(axis.text.y=element_blank()) +
  facet_wrap(~Reject.null.hypothesis) 

new_x <- strsplit(tt$X, ";")

# Recombine with original information, you might get a warning about rownames
newdat <- lapply(seq_along(new_x), function(i) {
  cbind(X = new_x[[i]], tt[i,-1])
})
newdat <- do.call(rbind, newdat)

ggplot(newdat, aes(microbiome_type, X, group = X)) +
  geom_point(aes(colour = Type)) +
  geom_line() +
  facet_wrap(~ Reject.null.hypothesis)