R 旧脚本、新服务器、意外错误

我有一个R脚本，它从MySQL数据库中提取数据，处理数据，创建几个图表和图形，将这些图形打印到文件中，并以字符串形式返回文件名。它在旧服务器（运行R2.10.1的Solaris 10（32位）上运行正常，但现在在新服务器（运行R2.12.1的Centos（64位））上出现错误

我不会发布整个脚本，因为它相当长，而且大部分工作正常。它仍然访问数据库，处理数据，创建图表和图形，并将它们打印到文件中。它只是不返回文件名。这就是错误：

Error in save(exp, meta, MDist.median, redgrad.pal, colgrad.pal, phase_starts,  : 
  object âx.gcâ not found
Function brew returned an object of 'try-error'.

下面是脚本的一些部分：

<% 
Sys.umask(mode="0022")
fn=tempfile('z_')
fn.prof<-paste(fn,'prof',sep='.')
fn.data<-paste(fn,'txt',sep='.')
fn.r<-paste(fn,'rda',sep='.')
fn.graph=paste(fn,'pdf',sep='.')

library(Cairo)
library(rjson)
library(DBI)
library(RMySQL)
library(reshape)
library(plyr)
library('RColorBrewer')
library(ggplot2)
library(lattice)
library(latticeExtra)
library(hexbin)


exp_id<-ifelse(is.null(POST$exp_id),0,as.numeric(POST$exp_id))
group_id<-ifelse(is.null(POST$groupset_id),0,as.numeric(POST$groupset_id))
saveR<-ifelse(is.null(POST$saveR),FALSE,as.logical(POST$saveR))
control<-ifelse(is.null(POST$control),'rowH',as.character(POST$control))

#open connection to db
#process data
#format

#output

pdf(fn.graph,title=meta$exp_name)
dummy <- capture.output(print(plist)) #expensive: 3.56s
print(dists.med.areaplot) #expensive: 5.67s
print(dists.med.lplot)
dev.off()

####HERE IS PROBLEM####
save(exp, meta, MDist.median, 
        redgrad.pal, colgrad.pal, 
        phase_starts, voi, plist, 
        grect, nogrid, dists.med.areaplot, dists.med.lplot,x.gc, file=fn.r )


#return filenames to calling script
cat(toJSON(list('filename'=fn.data, 'graph_pdf'=fn.graph,'rfile'=fn.r)))
%>

---

原始海报回答了这个问题。此问题可能被标记为已回答。

您是否检查了默认区域设置（请参阅：

Sys.getlocale（）

）在新环境中是否不同？@daroczig:有趣。旧区域设置为

C

。新的语言环境是Sys.getlocale（）[1]“LC_CTYPE=en_US.UTF-8；LC_NUMERIC=C；LC_TIME=en_US.UTF-8；LC_COLLATE=en_US.UTF-8；LC_MONETARY=C；LC_MESSAGES=en_US.UTF-8；LC_PAPER=en_US.UTF-8；LC_NAME=C；LC_地址=C；LC_电话=C；LC_测量=en_US.UTF-8；LC_标识=C”似乎区域设置阻止了对错误消息的合理读取，该错误消息应读取

未找到对象“x.gc”

。我发现x.gc没有被创建，现在一切都好了。+1用于解决自己的问题并严肃地对待行为不端的对象：-）