有没有办法强制data.table的fread（）不停在空行上？

（问题不再相关，因为2016年11月25日新版本的

数据。表

-见下面接受的答案）

---

所以，我有一张中间有空线的桌子。当我试图用

fread

打开它时，它停止了，说

在空行10006处停止了读取，但文本随后存在（丢弃）

。有没有办法在不更改数据文件的情况下避免这种情况？

您可以使用Windows

findstr

命令来清除空行

示例文件“Data.txt”

再现你的错误

> dt <- fread("Data.txt")
Warning message:
In fread("Data.txt") :
Stopped reading at empty line 6 of file, but text exists afterwards (discarded): 5,b

，于2016年11月25日发布，有一个新的

空行。跳过
选项可跳过空行

text <- "1,a\n\n2,b\n3,c\n4,a\n\n5,b\n\n6,c"

library(data.table)
fread(text)
##    V1 V2
## 1:  2  b
## 2:  3  c
## 3:  4  a
## Warning message:
## In fread("1,a\n\n2,b\n3,c\n4,a\n\n5,b\n\n6,c") :
##   Stopped reading at empty line 6 but text exists afterwards (discarded): 5,b

fread(text, blank.lines.skip=TRUE)
##    V1 V2
## 1:  1  a
## 2:  2  b
## 3:  3  c
## 4:  4  a
## 5:  5  b
## 6:  6  c

text如果其他人也有类似问题，我注意到data.table 1.10.4（我使用的当前2017版本）似乎会在某些文件中产生空行错误，如果您没有明确说明：

'strip.white = FALSE'

我正在查看我试图导入的350个文件中明显存在的行错误。在原件中，有些行在两行之间被打断，由于它们包含不同形式的信息，fread警告某些列存在类强制问题。但我同时得到了几乎每个文件的“空行”错误，在不同的行上。我在记事本++中手动检查了这些。很多次。没有空行，也有剩余的行；很多。尝试使用导入参数并禁用strip.white删除了空行警告。
您使用的是什么操作系统？在*nix上，你只需结合一个命令行命令就可以过滤掉空行。当然，应该可以在这里找到类似的命令来执行相同的过滤，但我仍然好奇是否有更聪明的方法……我认为答案是“不”。您可能应该提交一个功能请求：。如果你安装cygwin工具，你可以
egrep-v^$
去除空行…@BenBolker我已经安装了
GoW
（）软件包，我非常喜欢它，因为它安装起来非常简单，重量也非常轻。并包括最常见的
*nix
命令行工具。根据
fread（）
（1.8.10）的帮助文件的详细信息部分，这是预期的行为。如果数据相对较小，则始终可以将其作为文本字符串读入，使用R的regexp函数对其进行处理以删除空行，然后将字符串作为
input=
参数传递给
fread（）
。我遇到了一个非常类似的问题-fread在一个行索引中抛出一个空行错误，当我检查文件时，这显然是错误的。似乎没有任何通用的解决方案。尝试启用和禁用“填充”。“修复”我的一些导入或创建其他错误。所有引起问题的文件都来自FDA，应该是相同的。read.table通常（缓慢）导入它们。我尝试了write.table，然后用fread重新导入，但“空行”仍然存在。还尝试更改它们的引号、分隔符，在read.table之后“修剪”表格，以确保没有任何额外的分隔符&在write.table之前删除空行，添加显式NA并更改行尾。fread.blank.lines.skip选项对我无效，错误仍然存在。使用select选项选择要加载的特定列似乎可以忽略空行。例如，select=c（1,2,3）加载前3列，当我使用select时，我没有得到错误，如果我使用select，则加载超过错误点；如果在导入时选择特定字段，则在尝试导入整个表时会出现问题。我从未真正解决过为什么会发生这种情况，即使在进行了一些相当密集的手动检查（例如检查行尾、全部删除、重新添加行尾）之后，我仍然发现了这个问题。奇怪的是，r的基本“read.table”函数可以很好地处理相同的文件，这表明它一定和fread中的错误检查有关。我现在不知道是什么导致了这个错误。
text <- "1,a\n\n2,b\n3,c\n4,a\n\n5,b\n\n6,c"

library(data.table)
fread(text)
##    V1 V2
## 1:  2  b
## 2:  3  c
## 3:  4  a
## Warning message:
## In fread("1,a\n\n2,b\n3,c\n4,a\n\n5,b\n\n6,c") :
##   Stopped reading at empty line 6 but text exists afterwards (discarded): 5,b

fread(text, blank.lines.skip=TRUE)
##    V1 V2
## 1:  1  a
## 2:  2  b
## 3:  3  c
## 4:  4  a
## 5:  5  b
## 6:  6  c

'strip.white = FALSE'