R 如何从基因的Ensembl中检索'；s染色体上的起始值和结束值

假设我有一个名为“Tlr6”的基因（见下图），我想知道如何在R中检索染色体上基因的起始值和结束值？例如，在图片中，起始值为64952031，结束值为64960097

图片的URL为。 这里的基因名是

Tlr6

，Ensembl ID是

ENSMUSG00000051498

。我可以使用这些信息将开始值和结束值读入R吗

这就是你的意思吗

> Tlr6 <- "64.952.031-64.960.097"
> c(gsub("\\.", "", substr(Tlr6, 1, 10)), gsub("\\.", "", substr(Tlr6, 12, 21)))
[1] "64952031" "64960097"

>tlr6c（gsub（“\\.”，”，substr（Tlr6，1，10）），gsub（“\\.”，”，substr（Tlr6，12，21）））
[1] "64952031" "64960097"

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或者您正在询问如何从网页中刮取该初始值？

您可以使用

Bioconductor

中的

biomaRt

包执行此操作：

#skip this if the package is already installed
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("biomaRt")

library(biomaRt)
#select the ensembl mouse dataset
ensembl <- useMart("ensembl", dataset="mmusculus_gene_ensembl")


getBM(attributes=c("ensembl_gene_id","start_position","end_position"),
  filters="ensembl_gene_id",values = "ENSMUSG00000051498",mart=ensembl)

#如果软件包已安装，请跳过此步骤
来源（“http://bioconductor.org/biocLite.R")
生物材料（“生物材料”）
图书馆（生物艺术）
#选择ensembl鼠标数据集
ensembl请发布一段数据，而不仅仅是一张（无用的）图片。我添加了一些元素，希望它会有所帮助。好的，你有这个
ENSMUSG00000051498
（我想是一个字符串），你想提取什么？