R 给定距离矩阵的层次聚类

给定一个距离矩阵

d = matrix(c(0,2.5,4.5,2.5,0,3.4,4.5,3.4,0), nrow=3),

如何使用R进行分层聚类？使用

hclust(d)

这是给我的错误

Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") :  missing value where TRUE/FALSE needed.

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您需要将其转换为具有

dist

的对象

d1 = as.dist(d)
hclust(d1)

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如果您检查

d1

R> str(d1)
Class 'dist'  atomic [1:3] 2.5 4.5 3.4
  ..- attr(*, "Size")= int 3
  ..- attr(*, "call")= language as.dist.default(m = d)
  ..- attr(*, "Diag")= logi FALSE
  ..- attr(*, "Upper")= logi FALSE 

你可以看到R对它存储的东西很聪明；它只需要下三角矩阵